赣南医学院第一附属医院拥有丰富多样的科室设置，包括临床科室30个，医技科室12个，教研室16个，以及4个实验室。医院实际开放的病床达到1200张，构建了较为完善的学科体系。
其中，皮肤真菌科作为江西省的领先学科，展示出卓越的专业实力；眼科学、外科学（神经外科、肝胆外科、胸心外科、泌尿外科）和影像医学与核医学则是江西省“十一五”期间的重点学科，特别是在胸外科和泌尿外科领域，医院在赣州市内具有显著的领先地位。骨科、眼科、脑外科正积极建设成为赣州市的领先学科，其诊断和治疗水平达到了江西省内的先进水平，部分研究甚至达到了国内的先进水准。
医院的其他重点科室如心血管内科、神经内科、血液肿瘤科、肾内科、内分泌科、烧伤科、耳鼻喉科、口腔科、整形外科、呼吸内科、消化内科、妇产科、儿科以及中医科等，各自特色鲜明，深受患者和同行的认可，在赣州及周边地区乃至江西省内享有极高的声誉。
赣南医学院第一附属医院始创于1958年，隶属于赣南医学院和江西省卫生厅双重领导，位于江西省赣州市青年路23号，是一所集医疗、教学、科研与预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，是国家卫生部指定的国际紧急救援中心网络医院。