蓝宝石原版能抓到的神兽只有盖欧卡、烈空坐、三神柱、
拉帝亚斯和拉帝欧斯这几只。捕捉的时间没有限制，相关剧情完成之后随时都可以去抓。
盖欧卡在琉璃市觉醒神殿深处捕获。
烈空坐在天空之柱顶层捕获。
三神柱在布告石室解密成功之后，分别在111号道路、120号道路和105号道路的洞穴里捕获。
拉帝亚斯一周目通关之后在全丰缘地区随机遇到，拉帝欧斯可以在获得无限船票之后在南方孤岛捕获。
宝可梦红宝石与宝可梦蓝宝石是任天堂公司发售的第三世代宝可梦系列游戏。本作的游戏舞台为温暖湿润的丰缘地区。
从本作开始创立了仅包含部分宝可梦的地区图鉴，从本作开始，
新一世代的游戏无法到达前世代的地图，而在红宝石蓝宝石甚至几乎无法捕捉地区图鉴之外的宝可梦。
因此本作也是两个不进行通信就无法开启全国图鉴的宝可梦系列游戏，并且在火红叶绿发行之前，只能使用地方图鉴。
与第三世代的其它游戏不同，红宝石蓝宝石在到达宝可梦中心并拥有2只及以上宝可梦后即可与火红叶绿和绿宝石进行通信，对游戏进度没有任何要求，并且只要交换过任何一只宝可梦就会直接开启全国图鉴。
这是第一个每秒显示帧数达到60的宝可梦游戏。
从红宝石蓝宝石开始，同期版本间的同一宝可梦画像不再存有差异。
红宝石蓝宝石的时间有切换昼夜的设定，但游戏内景观没有昼夜画面的区别，时钟系统内部有星期系统但游戏内却无法查看，昼夜划分也不是以真实的时间段来设定。