为推动少年军校这一教育形式的健康发展，使之逐步走向系统化、正规化和科学化的轨道，全国少工委于1996年决定成立中国少年军校总校。中国少年军校总校由团中央、全国少工委、解放军总政治部、教育部、公安部、武警部队、国家国防教育办公室等相关部门组成，是围绕全国基层少年军校开展工作的管理和服务机构。
中国少年军校总校直属全国少工委领导，归口中国少先队事业发展中心管理。中国少年军校总校办公室由中国少年军校总校直接领导，是负责少年军校总校日常工作的实施、操作机构，设在中国少先队事业发展中心。
少年军校”活动是共青团、少先队组织在全国少年儿童中开展思想意识教育、社会主义核心价值体系教育、国防教育和综合素质教育的品牌活动与重要载体。它是新形势下围绕少先队组织的根本任务，推动“三观”“三热爱”主题教育活动，推进“三项建设”的重要研究实践阵地。它是加强少先队活动的普遍性、针对性、适用性的重要突破口，是实施素质教育和加强未成年人思想道德建设的重要抓手和载体，也是共青团、少先队组织进行工作社会化的探索，已成为少先队活动品牌，被写入《中华人民共和国国防教育法》。
多年来，少年军校活动在解放军、武警部队、公安部门、教育部门和国防教育机构的大力支持下，经过不断探索和实践，取得了良好的教育效果和显著的社会效益。特别是新世纪以来，少年军校活动发展迅速，有效延伸了共青团、少先队工作的手臂，团结、凝聚了全国众多热心国防教育及未成年思想道德建设事业的校长、教师、辅导员和社会有识之士，壮大了少先队工作者队伍的力量。少年军校活动影响力和吸引力不断增强，深受广大青少年的热情欢迎和积极参与，也越来越受到社会各界的广泛支持和肯定。
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