简单说：国防部是总统的最高军事办公（军队管理、指挥）机关，参谋长联席会议是国防部下属的军事指挥机关。
具体说：
国防部是美国武装部队的最高领率机关。军种部是各军种的最高行政领导机关，负责本军种的人事与行政管理、部队组建、战备训练、兵役动员、武器装备研制与采购以及后勤保障等。美国国防部当前体系由国防部长办公厅、参谋长联席会议、3个军种部、10个联合作战司令部、国防部所属16个局和6个专业机构组成。它的中心是五角大楼。国防部的领导是美国国防部长。
参谋长联席会议与陆军部、海军部和空军部同属美国国防部办事机构，是国防部最重要的一个机构，接受总统和国防部长的双重领导。由于美国总统和国防部长均属于文职官员，参谋长联席会议主席就成为美国武装力量的最高军事长官。
根据美国宪法，总统兼任武装部队总司令，是全军的最高统帅。总统通过国防部的陆、海、空三个军种部对全军实施行政领导。美国1947年的《国家安全法》决定成立国家军事部，但因其地位等同于军种部，起不了统管全军的作用。1949年的《国家安全法》修正案，以国防部取代国家军事部，并规定其为政府一级部，三个军种部降为其下属部门，才从而确立了国防部对全军的统管地位。
1953年，国防部规定参谋长联席会议接受国防部长命令，发出战略和作战行动命令。
美国国防部现在的组织是按照美国国会通过的1986年的戈德华特-尼科尔斯国防部重构法(Goldwater-Nichols Act of 1986)。按照这个法案，军事命令是从美国总统通过美国国防部长直接到美国地区将军。美国参谋长联席会议有责任准管美国武器和军人准备，也当总统的军事顾问，但是他们没有命令权。
美国国防部长（United States Secretary of Defense）是美国国防部（U.S. Department of Defense）的领导官员，处理有关军事方面的事务。国防部长的角色是担任总统的主要国防政策顾问，并负责规划一般国防政策和与国防部相关的其他政策、执行获得认可的政策。在美国军队中，国防部长通常简称为「SecDef」。国防部长和总统共同组成国家指挥当局（National Command Authority，NCA），具有发动战略性核子武器的专有权限。所有的核子武器都在「两人规则」（two-man rule）的管理下。在核子武器发动前，必须同时获得国防部长和总统的同意。
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