台湾正式归入中国版图是在宋朝，属福建省晋江县管辖。赵汝适著《诸蕃志》一书中有：“泉有海岛曰澎湖，隶属晋江县。”赵汝适系宋朝宗室，曾任宋朝“提举泉州市舶使”，相当于海关关长之职。元朝顺帝时设立巡检司，隶属泉州。明朝人陈第，于1603年与明军将领都司沈有容同赴台湾，先击破倭寇，后又击退荷兰殖民者。赶走入侵者之后，他在台湾广泛考察，返回大陆后，著述了《东番记》一书。对台湾的民情、物产、商贸情况作了细致描述。
关于沈有容击退荷兰入侵者的战绩，至今澎湖的马公镇仍矗立着纪念碑，上刻：“沈有容谕退红毛番韦麻郎碑”。
明朝万历年间诗人陈建勋有《谕退红毛夷诗》歌颂此事。诗曰：“艨艟百丈势如山，矫汛扬帆泊海湾。黑齿红毛惊异类，轻裘缕带破愁颜。一尊立解他年衅，寸吞能教即日还。犹恋将军真感泣，无劳飞雁落弓弯。”