首先，保障对象不同，城镇职工基本养老保险是保证城镇就业群体;而新农保保障的是农村居民群体。
其次，城镇职工基本养老保险是国家法律法规规定强制实施的，是雇主、用人单位包括劳动者个人都必须按照规定缴费的;而新农保强调的是自愿原则，是农民自愿参加的，这也是根据农村现阶段实际，由政府加以引导，但是不搞强迫命令。
再次，新农保政策中“有弹性”，这是城镇职工基本养老保险中没有的。在城镇职工基本养老保险中，有规定的缴费比例、规定的领取资格、规定的支付标准，总体来讲是没有太大的弹性的。而新农保里有一条原则叫做“有弹性”，比如设计的缴费标准从100元到200元、300元、400元、500元。农民可以根据自己的收入水平进行选择，同时允许地方增设缴费标准，可以向上增设，也可以向下增设，这就是为了适应各地经济发展的不平衡和农民收入水平差异相对较大的实际情况，不搞“一刀切”。
最后，就是筹资结构是不同的。城镇职工基本养老保险主要筹资方是用人单位，虽然个人也缴费，但用人单位缴的是主要部分。而新农保的主要供款方是政府，政府给了现在的60周岁及以上老年人基础养老金(目前标准为每人每月55元)，同时对中青年的缴费也予以补助。