1900年八国联军侵华战争，以慈禧为首的清朝统治者狼狈逃出北京，最后签订了屈辱的《辛丑条约》，清廷统治摇摇欲坠。这场战争看似是清朝和列强的全面战争，但是最后却演变成了北京的皇族势力与列强之间的较量，因为当时清朝南方各省督抚与英美列强达成“东南互保”协议，南方各省不但不支援清廷作战，甚至于给列强提供了便利。“东南互保”可以说是一次地方实力派公然反抗满清朝廷命令的事件，使得清廷威信扫地，地方独立倾向大增，敲响了清朝灭亡的丧钟。
因为列强包庇康有为、梁启超等维新派，还反对废黜光绪帝，慈禧太后一直怀恨在心；后来在毓贤、刚毅等守旧大臣的忽悠下，慈禧相信了义和团“刀枪不入”、“枪炮不伤”、能消灭洋人的话，因此慈禧妄图利用义和团打击列强势力，中外冲突不断加剧，眼看着战争就要来了。正是在这种情况下“东南互保”出炉了。
从列强的角度考虑，在当时中国南方地区是当时列强在华的核心利益区，在此地有大量的人员滞留和投资，因此需要避免战争在中国南方爆发。从以刘坤一、张之洞、李鸿章为首的地方督抚角度考虑，第一李鸿章等人清楚列强联合有多么强大，清朝打不赢；第二李鸿章等人都是汉族地主出身，受的是儒家教育，对于义和团这种借宗教迷信发展的组织天然仇视。
因此双方一拍即合，在大买办盛宣怀的牵线搭桥下，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章、闽浙总督许应骙、山东巡抚袁世凯、浙江巡抚刘树棠、安徽巡抚王之春、广东巡抚德寿等人联合与各国列强签订协议，保持东南各省的稳定。而陕西巡抚端方、四川总督奎俊，甚至于慈禧的亲信荣禄虽然没有加入东南互保，但也表示支持，称清政府向十一国列强宣战是受到义和团胁迫的“矫诏、乱命”。
“东南互保”实质上就是地方实力派抛开清廷单干了，不再遵守朝廷的圣旨行事。“东南互保”协定主要有9条，总结起来就是清朝督抚和列强划分了势力范围，双方各自守护自己的地盘，保护中外商民人命、产业安全；双方的部队不能随意靠近或进入对方势力范围，有调动要提前告知；双方共同镇压义和团，防止义和团势力蔓延到南方等等。还有一条最重要的密约，就是一旦开战后列强攻占北京而且光绪皇帝和慈禧太后全部死亡，就建立以李鸿章为总统的新政府出面与列强谈判，支撑局面。
对于“东南互保”这件事是很难下定义的，要是从中国抵抗外国侵略的角度看，张之洞等人私下和列强签订协议绝对算是卖国行为；但是从长远看，张之洞等督抚的行为保证了当时中国经济最发达地区的稳定发展，加速了清王朝的灭亡，推动中国走进新时代。
八国联军侵华战争之后，清廷虽然还是名义上的全国统治者，但是因为“东南互保”的存在各地方实力派开始自行招募部队，发展成了后来的军阀武装；同时清廷再也不能随意任免地方督抚，必须要尊重各省份地方势力的意见。到1911年辛亥革命的时候，各省外籍主官均被驱逐，部队对于清廷也是听调不听宣，这才有了武昌起义一声枪响，天下十五个省纷纷宣布独立的盛况。
刘坤一、张之洞接受盛宣怀的主张，于6月26日，以上海道台余联沅为代表，邀约各国领事商订所谓《东南互保章程》九条，主要内容为：“上海租界归各国共同保护，长江及苏杭内地均归各督抚保护，两不相扰，以保全中外商民人命产业为主。”各国领事原则上表示同意，但声明订约必须得到各国政府的授权。刘、张对各国领事保证，不管此后北方发生什么事情，他们“仍照所议办理，断不更易”，并拒绝清政府要他们“招团御侮”的命令。以后，实行“互保”的地区，从原来的江苏、江西、安徽、湖北、湖南，扩大到浙江、福建、广东、山东。福建省还单独与福州各国领事直接达成类似的协议。
上海道台不断催促各国领事正式订约，但这个“中外互保章程”最后并没有签字。7月4日，索尔斯伯理告诉中国驻英公使说：“中外互保章程其意甚美，自当竭力体会，惟只能作为条陈，不能作为约章，因其中有英国权利不便委弃，中国责成不便越俎。”7月13日，上海领事团根据各国政府指示，照会余联沅，拒绝在“互保章程”上签字。这个章程虽没有订立，但由于刘坤一等地方督抚竭力镇压群众响应义和团运动，“互保”的局面终于保持下来。