当机动车驾驶人的道路交通违法行为在记分周期内累积扣分达到12分时，公安机关交通管理部门会采取相应的处理措施。
首先，驾驶人需要在15天内，无论是回到驾驶证核发地还是违法行为发生的地点，前往公安机关交通管理部门，参加为期7天的严格的道路交通安全法律法规及相关知识学习。这是为了确保驾驶人重新理解并熟悉相关法规，以保障公共安全。
学习结束后，车管所将在20天内组织道路交通安全法律法规及相关知识的考试，以测试驾驶人的理解和掌握程度。若考试成绩合格，之前的扣分将被清零，机动车驾驶证随之归还。这表明驾驶人有机会通过学习和考试来恢复驾驶资格。
然而，如果驾驶人拒绝参加学习或考试，公安机关交通管理部门将依法暂停其驾驶证的使用权利，以示对违规行为的严肃处理和对公共安全的保障。
以上就是针对机动车驾驶人扣分超过12分时所需遵守的程序和后果，我们希望本文能解答您的疑问，让您明白相关的法律法规要求。