老板私自克扣员工工资，是违法的。企业克扣工资，员工可以选择以下方式进行投诉：1、打劳动保障电话投诉，投诉时需要实名投诉，要提供本人的身份证号码、姓名。你可以多打几次进行投诉；2、到当地劳动站、人力资源和社会保障局的劳动监察大队投诉这些机构是专业处理劳资纠纷的，他们会上门查处克扣工资的违法行为。
老板私自克扣员工工资要看数额和情节了，情节一般的属于一般的行政违法行为，由劳动行政主管部门，责令支付劳动报酬；情节严重的，如劳动行政主管部门责令支付，拒不支付的，有可能涉嫌拒不支付劳动报酬罪，属于犯罪行为。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。在我国，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序。提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。除非当事人是因不可抗力或有其他正当理由，否则超过法律规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会不予受理
克扣工资申请劳动仲裁程序如下：
1、准备劳动仲裁材料，如申请书，劳动关系成立证明，拖欠工资证据等；
2、确定劳动仲裁机构后，向劳动仲裁机构提交材料，申请劳动仲裁；
3、劳动仲裁机构对申请材料进行审查，符合仲裁条件，受理案件，确定开庭的时间。
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【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
