真菌繁殖分为两种：无性繁殖：无性繁殖是没有经过性细胞结合，而直接由营养体转变而成的繁殖方式。无性繁殖所产生的孢子叫无性孢子，常见的无性孢子有孢囊孢子、游动孢子、分生孢子、芽孢子、粉孢子、厚垣孢子。有性繁殖：有性繁殖是经过两性细胞结合的繁殖方式。有性繁殖产生的孢子叫有性孢子，有性孢子常见的有接合子、卵孢子、接合孢子、子囊孢子、担孢子。真菌的子实体：在高等真菌中，有性孢子或无性孢子都可能聚生在一种由菌丝构成的组织中，好像高等植物的种子生在果实里一样，这种着生孢子的特殊结构称子实体。常见的子实体有分生孢子器、分子孢子盘等，它们为无性子实体。而子囊果（又可分为子囊壳、子囊盘、闭囊壳）、担子果为有性子实体。
真菌的营养体生长发育到一定阶段，即开始形成繁殖器官，便延续后代，继续生存。这种为延续后代而进行繁殖的器官，称为真菌的繁殖体。真菌，是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。现在已经发现了七万多种真菌，估计只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入动物或植物，现在成为自己的界，分为四门。真菌自成一门，和植物、动物和细菌相区别。真菌和其他三种生物最大的不同之处在于，真菌的细胞有含甲壳素(又叫几丁质、甲壳素、壳多糖)为主要成分的细胞壁，和植物的细胞壁主要是由纤维素组成的不同。是具有细胞核和细胞壁的异养生物。种属很多，已报道的属达1万以上，种超过10万个。其营养体除少数低等类型为单细胞外，大多是由纤细管状菌丝构成的菌丝体。低等真菌的菌丝无隔膜，高等真菌的菌丝都有隔膜，前者称为无隔菌丝（coenocytic hypha），后者称有隔菌丝（septate hypha）。在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是含有甲壳质(chitin），其次是纤维素。常见的真菌细胞器有：线粒体，微体，核糖体，液泡，溶酶体，泡囊，内质网，微管，鞭毛等；常见的内含物有肝糖，晶体，脂体等。在历史上，真菌曾被认为和植物的关系相近，甚至曾被植物学家认为就是一类植物，但真菌其实是单鞭毛生物，而植物却是双鞭毛生物。
真菌的繁殖主要是产生大量的孢子，相当于高等植物的种子。根据真菌产生孢子的方式不同可将真菌的繁殖区分为无性繁殖和有性繁殖。不同于有胚植物和藻类，真菌不进行光合作用，而是属于腐生生物——经由腐化并吸收周围物质来获取食物。大多数真菌是由被称为菌丝的微型构造所构成的，这些菌丝或许不被视为细胞，但却有着真核生物的细胞核。成熟的个体（如最为人熟悉的蕈）是它们的生殖器官。它们和任何可行光合作用的生物都不相关，反而跟动物很亲近，两者同属后鞭毛生物。因此，真菌被归类自成一界。
