1、主体资格和经营范围的风险第三方支付，从事的业务介于网络运营和金融服务之间，其法律地位尚不明确。虽然多数第三方支付试图确立自己是为用户提供网络代收代付的中介地位，但是从所有这些第三方支付实际业务运行来看，支付中介服务实质上类似于结算业务。
此外，在为买方和卖方提供第三方担保的同时平台上积聚了大量在途资金，表现出类似银行吸收存款的功能。按照中国《商业银行法》规定，吸收存款，发放贷款，办理结算是银行的专有业务。第三方支付平台经营的业务已突破了现有的一些特许经营的限制，究竟应当如何定位，是我们应该深思的问题。
2、在途资金和虚拟账户资金沉淀的风险在支付过程中，无论是第三方支付平台模式还是内部交易模式，都有一种资金吸存行为，当吸收的资金达到相当的规模以后，就产生了资金安全问题和支付风险问题。