吴卫教授在中国古代艺术设计文化与传统视觉艺术领域取得了丰富的研究成果。他在学术界活跃，已发表了超过100篇具有高学术价值的论文。其中，他在中国艺术类核心期刊《装饰》上发表的论文包括《二战期间的日本设计简史》（2002）、《明清华表初探》（2003）等，如《半坡红陶小口尖底瓶的再发现》（2004）和《“器以象制”与“形式追随功能”的辩证关系》（2004），以及《考窥陵道神兽獬豸》（2005）。在《装饰》杂志上还有《不用剪刀的剪纸——湘西踏虎黄靠天凿花》（2006）和《三足金蟾艺术符号阐释》（2007）等作品，显示了他在传统艺术形式上的深入研究。
此外，吴卫教授在《美术观察》、《南京艺术学院学报(美术及设计)》等全国中文核心期刊上发表了如《艺术设计与人文建设》、《赑屃驮碑考窥》等12篇文章，深入探讨了汉代云气纹艺术符号、清代官式梁枋旋子彩画等主题，为学术界带来了独特的视角和见解。
在学术著作方面，吴卫教授共出版了5部作品，包括《钢笔建筑室内环境技法与表现》（中国建筑工业出版社，ISBN7-112-04960-1），这本书因其实用价值而深受建筑设计、室内设计等领域专业人士的喜爱，曾荣登2005年度“全国建筑学与建筑设计类图书”热销排行榜的第10位，并多次重印。其他著作如《中国水车——明末中国传统升水器械设计思想研究》（湖南美术出版社，ISBN 7-5356-2139-2/J·1995）和《色彩构成（图说本）》、《平面构成（图说本）》（北京理工大学出版社）以及《中国传统艺术符号十说》（中国建筑工业出版社，ISBN 978-7-112-13742-8），也都是他在学术领域的重要贡献。
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