1、性质不同：真菌是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。细菌是所有生物中数量最多的一类。
2、存在范围不同：细菌是许多疾病的病原体，包括肺结核，淋病，炭疽病等疾病都是由细菌所引发。病毒是一种非细胞生命形态，病毒没有代谢机构，没有酶系统。真菌曾被认为和植物的关系相近，甚至曾被植物学家认为就是一类植物，但真菌其实是单鞭毛生物，而植物却是双鞭毛生物。
3、危害不同：细菌的营养方式有自营及异营，其中异营的腐生细菌是生态系中重要的分解者，使碳循环能顺利进行。真菌是具有真核和细胞壁的生物。病毒寄生在活细胞中，掠夺别人的营养生存，危害大。
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特点：
1、病毒没有细胞结构，真菌有多细胞的，三者有对人类有益的一面，也有对人类有害的一面，细菌的生殖方式是分裂生殖，三者的结构内都没有叶绿体，所以都是利用现成的有机物。
2、体内真菌感染可能会出现伪膜性肠炎，腹泻等症状，如果阴道有真菌感染，会表现出白带豆渣样，外阴瘙痒等阴道炎的症状，如有不适症状，建议及时到医院就诊。
3、细菌属于原核细胞型微生物，没有真正的核（无核仁、核膜、染色体结构），细胞器只有核糖体。主要症状有呼吸道感染，消化道感染，创伤感染，接触感染，垂直感染等等。
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