合作医疗不交的后果具体如下：
1、生病住院费用报销，可以说是新农合报销项目中最大的一项。参保了新农合的农民生病后，可以到新农合定点医院住院治疗，产生的费用可以报销60%。如果新农合不交了或者弃交了，那么久意味着如果生病需要住院，产生的所有费用都要自己全部承担；
2、大病保险不能享受。新农合还有非常重要的一部分就是大病保险，大病保险主要针对一些治疗花销大、比较严重的大病专门设置的。农民们交纳的新农合，有一部分费用会进入到大病保险账户里面。有了大病保险，可以报销一半的费用。很多规定的病种，新农合可以报销到70%，极大地缓解了家庭经济压力；
3、门诊统筹没了，慢性病无法报销。很多人认为新农合用处不大，只能报销住院和大病医疗，无法报销小病门诊。新农合针对门诊看病也是可以报销的，只不过使用的是门诊统筹。
合作医疗的作用
1、合作医疗，全称新型农村合作医疗保险，是在群众自愿互助的基础上，依靠集体经济，在防病治病上实行互济互助的一种福利性质的医疗制度。合作医疗，是由国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用；
2、新型农村合作医疗制度正是应农民对医疗保障的迫切需要而产生，为农民的健康提供了一定的制度保障。这一制度实行社会统筹与个人账户相结合的模式，大病实现统筹，个人账户可以累积转存，解决了农民的医疗保障问题，增强了农民的自保健和保障意识；
3、新型合作医疗为大病医疗提供了保障，新型农村合作医疗制度提供了大病统筹机制。中国新型农村合作医疗制度与旧合作医疗制度相比，统筹层次高，管理体制健全，各级财政补贴到位，并逐渐形成了一体化的管理和服务体系。
农村合作医疗报销比例
1、报销比例为门槛费以上至3000元报88%；
2、3000-5000元报90%；
3、5000-10000元报92%；
4、10000元以上至最高支付限额内的报95%。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
