内蒙古自治区境内共有大小河流千余条，中国的第二大河——黄河，由宁夏石咀山附近进入内蒙古，由南向北，围绕鄂尔多斯高原，形成一个马蹄形。
其中流域面积在1000平方千米以上的河流有107条；流域面积大于300平方千米的有258条。有近千个大小湖泊，主要有呼伦湖、贝尔湖、达里诺尔湖、乌梁素海、岱海、居延海等。
一、呼伦湖
呼伦湖又名达赉湖，与贝尔湖互为姊妹湖。当地牧人称它为“海一样的湖”，俄文：Далайн нуур（达赉诺尔）。
呼伦湖位于内蒙古自治区呼伦贝尔草原西部的新巴尔虎右旗、新巴尔虎左旗和扎赉诺尔区之间，是内蒙古第一大湖、东北地区第一大湖、中国第五大淡水湖，为构造成因的矿化度受环境影响较大的淡水湖。
二、贝尔湖
贝尔湖（Buir Lake，古称捕鱼儿海）又称嘎顺诺尔，位于呼伦贝尔草原的西南部边缘，是哈拉哈河和乌尔逊河的吞吐湖。民国时期，贝尔湖及哈拉欣河流域均属兴安省所辖。
贝尔湖是中蒙两国共有的湖泊，面积608.78平方公里。其中大部分在蒙古国境内，仅西北部40.26平方公里（湖泊总面积的十五分之一左右）为我国所有。
贝尔湖为淡水湖，湖面海拔约583.90米，平均水深8米左右。湖水清澈，为沙砾湖床，是天然渔场，湖内盛产多种鱼类，湖周围为优良牧场，与呼伦湖为姊妹湖。
三、达里诺尔湖
达里诺尔湖又称达里湖，汉语译为“大海一样的湖”。是内蒙古地区四大名湖之一，内蒙古赤峰市最大的湖泊。位于内蒙古赤峰市克什克腾旗，高原地形，分布着被风化的玄武岩或花岗岩，是低浓度盐水湖。
达里诺尔湖湖周长百余公里，呈海马状，为封闭式苏达型半咸水湖，达里诺尔湖属高原内陆湖，湖水无外泻。
总储水量达16亿立方米，水深10~13米，最大水深13米，面积238平方公里，达里诺尔湖的东西两畔又各有一个湖泊——岗更诺尔湖（牦牛泡子）和多伦诺尔湖（鲤鱼泡子）。
分列在达里湖东西两侧，耗来河、贡格尔河、沙里河将三个湖泊穿在一起，形成高原湖区。
四、乌梁素海
乌梁素海位于内蒙古巴彦淖尔市乌拉特前旗境内、呼和浩特、包头、鄂尔多斯三角地带的边缘，距乌前旗政府所在地乌拉山镇13公里，距110国道22公里，是黄河改道形成的河迹湖。
中国八大淡水湖之一，总面积300平方千米，素有“塞外明珠”“塞外都江堰”之美誉。到2010年底，乌梁素海面积仅剩293平方公里。2012年8月7日，乌梁素海面积仅为60年前1/4，专家预测10~20年内或将消失。
五、岱海
岱海，内蒙古湖泊，处在一个狭长的陷落盆地之中，南有马头山，北有蛮汉山拱卫，东西长约25千米，南北宽约20千米，湖岸线长度为61.56千米，常用湖泊面积为160平方千米，容积为9.89亿立方米。
平均水深9米左右，最大深度18米。属于典型的内陆咸水湖泊，系全区闻名的四大水产基地之一，其水源由周围20多条河流和中层地下水汇聚而成。岱海交通便利，地理位置优越，是著名景点。
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