1剧情：
地球，2019：一颗庞大的小行星在地球坠毁。朝鲜政府迅速封锁了事发岛屿，并且声称这颗小行星归属 朝鲜。美国也立即派遣了一个三角洲精英小组前往观察形势。就在美朝政府关系日益紧张之际，神秘的小行星突然爆开，飞出一只高度2km的超大外星飞船。这只飞船制造出一个庞大的圆形力场，冻住了小岛的大部分地区，并且极大地改变了地球气候。外星人开始入侵地球。 随后，昔日的敌人变成了盟友，美朝两国开始联手抵御外星人的进攻，拯救人类的命运。玩家将在游戏中带领一个爆破小组进入茂密的热带雨林，残酷的冰封之地，最终进入外星飞船的心脏地带和异型展开殊死搏斗。
2剧情：
《孤岛危机2》在游戏内容上与一代也有很大变化，已经从秘密的丛林作战转向了公开、大规模的现代城孤岛危机2 游戏截图(20张)市战争。故事发生在距一代3年后的2023年。外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，人口锐减，玩家将要进行捍卫地球的末日战争。 孤岛危机2将不同于原作，原作中调查了神秘的陨石后，最后美军舰队全数击沉，主角诺曼携科学家海伦娜逃离之后，外星人入侵了世界的各个地点，并极大的改变了环境，幸存的人类不得不联手起来对抗入侵者。 孤岛危机2的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激。 孤岛危机2的主角变为了阿特克兹，一位陆战队员，在与CEPH（入侵地球的外星种族）的战斗中，他被前作中纳米服特种部队的队长普费（先知）救起，普费在自尽前留下了纳米服给阿特克兹，阿特克兹穿上纳米服，开始与CEPH作战。
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