根据上述职责，省卫生厅设16个职能处室：
（一）办公室。综合协调厅机关政务工作，负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责安全保密、政务公开、来信来访和新闻发布等工作；负责全省卫生强市强县创建的综合协调管理工作。
（二）政策法规处。负责组织综合性政策调研，组织拟订重大卫生改革发展政策；负责拟订卫生立法规划，组织起草卫生地方性法规、规章草案和卫生标准；负责卫生行政复议、行政应诉和行政审批管理工作；负责指导全省卫生法制宣传教育和理论研究工作；负责规范性文件合法性审核和报备工作。
（三）规划财务与审计处。拟订全省卫生事业发展规划，拟订全省卫生资源配置标准，指导开展区域卫生规划工作，负责卫生统计信息工作；负责拟订卫生经济政策和卫生财务管理规范，指导推进公立医院经济运行机制改革工作；拟订本省卫生装备标准和计划，负责大型医用设备的配备审批和监督管理；负责省属医疗卫生单位财务、基建、国有资产监督管理和审计工作；提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策的建议。
（四）公共卫生应急处理办公室（挂突发公共卫生事件应急指挥中心牌子）。拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故、生物安全事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（五）疾病预防控制处（挂省爱国卫生运动委员会办公室牌子）。拟订全省重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；会同有关部门完善全省重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；拟订基本公共卫生服务均等化计划，组织实施基本公共卫生服务项目和重大公共卫生服务项目；承担省公共卫生工作委员会办公室、省爱国卫生运动委员会办公室的具体工作。
（六）农村卫生管理处。组织拟订农村卫生事业发展规划、政策，指导推进农村卫生体制机制改革；拟订农村卫生服务标准化建设方案和服务规范，指导开展农村基本公共卫生服务均等化和基本医疗服务工作；负责新型农村合作医疗的综合管理工作；负责全省乡村医生的管理工作。
（七）妇幼保健与社区卫生处（挂计划生育技术指导处牌子）。组织拟订发展妇幼保健、城市社区卫生服务的政策、规划并监督实施；拟订城市社区卫生服务标准化建设方案和服务规范，指导开展城市社区卫生服务工作；负责妇幼保健监督管理，组织预防和减少出生缺陷与先天性残疾工作，指导并推进妇幼保健服务均等化。
（八）医政处。负责医疗机构、采供血机构的执业许可审批、医疗技术准入许可审批、执业医师和护士的执业资格准入；组织拟订医疗质量和安全管理等有关政策、规范、标准；参与药品、医疗器械临床试验管理；负责组织突发公共卫生事件、突发事件的医疗救助和重大活动医疗保障工作；拟订城市医院支援基层医疗卫生机构的政策措施并组织实施；拟订医疗服务评价和监督规范，负责全省医疗服务监管工作；推进公立医院管理体制改革工作；负责组织医疗事故等技术鉴定工作。
（九）食品安全协调监察处。负责食品安全综合协调；组织拟订地方食品安全标准，承担食品安全企业标准备案工作；负责拟订食品安全管理相关制度，组织开展食品安全监测和预警工作；承担重大食品安全信息发布工作；组织开展重大食品安全事故调查处理；承担省食品安全委员会办公室的具体工作。
（十）卫生监督局。指导规范卫生行政执法工作；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病的防治监督；负责医疗服务市场的依法监督，组织查处违法违规行为；承办重大疑难卫生违法案件。
（十一）药械采购管理处。负责全省药械集中采购工作的具体组织实施；拟订全省药械集中采购和配送的业务流程、工作规范、技术服务标准；拟订全省药械集中采购的药品目录；建立全省药械集中采购专家库；负责全省药械集中采购平台管理；负责全省药械集中采购交易过程的日常监管；负责组织实施国家基本药物制度。
（十二）科技教育处。拟订医药卫生科技教育发展规划；组织实施重点医药卫生科技攻关项目和学科建设计划；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织研究医学卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育、全科医学教育和毕业后医学教育工作。
（十三）国际合作处（挂港澳台办公室牌子）。承担组织指导全省卫生系统涉外事务；组织开展卫生领域的科技、人才和资金引进工作；组织实施卫生系统的对外合作项目；负责管理国际和境外民间组织在我省的卫生合作活动；推动中医药的国际合作交流；负责我省承担的国家援外医疗任务；承担与港澳台的卫生合作交流工作。
（十四）省保健委员会办公室（挂保健局牌子）。承担省保健委员会的日常工作；组织拟订省干部保健工作规划，拟订省干部医疗保健方案并组织实施；负责来浙中央领导、外省（市）主要领导、知名人士、重要外宾的医疗保健工作；负责省保健委员会确定的保健对象医疗保健、健康检查工作；承担国际性、国家和省内重大活动、大型重要会议等的保健任务；负责对全省干部保健部门的业务指导。
（十五）人事处。拟订全省卫生人才规划和政策，指导全省卫生人事分配制度改革等工作；承担机关和直属单位的机构编制和人事管理工作；会同有关部门拟订各类卫生专业技术人员资格标准并组织实施；组织指导卫生管理干部培训工作。
（十六）离退休干部处。负责厅机关离退休干部的管理和服务工作；指导厅直属单位离退休干部的管理和服务工作。
直属机关党委。负责厅机关和直属单位的党群工作。
（十七）派驻纪检组、监察室
