西藏自末代赞普朗达玛王灭佛（842年）后，卫藏各地割裂，盗匪横行，史称“黑暗时代”。此时，西藏地方的戒律传承、口传教诫及修行的教诫等几乎完全中断。佛法在讲学修习上常是各凭己意，妄自揣测经论的意义。公元912年之后，佛、苯（黑教）几乎同时再度弘传，揭开了双方的后弘期。由于各方面因素，致使双方教法互混，难以辨认。“拔协”记载：有人行贪瞋等邪恶行为，却说：“我无障碍”；有人不修显宗修心养性，认为习密咒即是大乘法，不需小乘及六度。据此可知，当时的佛教极接近外道或苯教，论师、咒师也各执已论，百年间形同水火。这种情形在仁钦桑布赴印学习十年返国后（约在985年前后），曾一度改善。他降伏外道，建立讲学制度，树立纯正的佛教。但是到了由印入藏的红阿阇黎、绿裙班智达在阿里附近传法时，又为教法的混乱注入新的变因。他们群聚徒众，甚至胡作非为，虽经天喇嘛（王族为僧者）耶协沃，国王希瓦沃、仁钦桑布等撰述论著，发表文告破除邪法，但也束手无策。
阿底峡尊者 入藏振兴佛教，于当时藏西古格王朝国王意希沃的努力是分不开的。意希沃是一位奉佛笃深的国王，为了复兴藏地佛教，不惜一切代价，甚至是自己的生命。 意希沃曾命尊珠僧格率领仆众百馀人至超戒寺正式迎请阿底峡尊者，此次任务未能完成。继任国王绛曲沃并不灰心，1037年又再度派遣那措译师领五名童仆，携带纯金七百两入超戒寺习论，俟机迎请。他会同在寺中的尊珠僧格拜见了阿底峡尊者，并与他有一长谈，详禀西藏佛教之现状。
阿底峡尊者了解整个情况后，叩请度母三个问题：入藏对佛教是否有利？能否满足藏王的心愿？于己是否有障碍？得到度母的指示后，他本着大乘自利利他的精神及续佛命脉的考虑，终于在1040以五十九岁高龄，翻越崇山峻岭前往西藏。
阿底峡尊者循着多数商人及朝圣者的路线，在次年抵尼泊尔，收摄王子花光为行程中第一位弟子，并且兴建了与王寺齐名的“唐寺”。停留在尼泊尔的一年中，阿底峡尊者广为讲学，撰著了有名的《行集灯》。 1042年，在尼泊尔王与大臣贵族及由藏地前来迎请的译师们的簇拥护送下，阿底峡尊者终于进入了阿里，受到民众热烈的欢迎。
一个月后至托林寺，会见了阿里国王绛曲沃。国王力陈教法混杂，希望阿底峡尊者能阐明业果，安定社会。阿底峡尊者亦指出，甚深法要即是业果，此后其在阿里三年即以讲解业果为主，而被称为“业果喇嘛”。在托林寺与仁钦桑布、那措等译师翻译经典。
两年后，应仲敦巴之请前往卫藏地区弘法一年，接著至桑耶寺、拉萨、雅隆等地。由于非常喜欢大昭寺，于是经常绕寺而修，并传给弟子绕塔的教授。在桑耶寺讲经传法时，翻译《摄大乘论》及《摄大乘论释》等多种经论。
同一时间，他也会见了在阿里地位最尊贵的仁钦桑布，双方互相讨论法要后，阿底峡尊者特别将密宗的不共处讲解说明，并详解如何将 佛陀 所说诸法在一座之间揉合而修，分别依 无著菩萨 所传、 龙树菩提 所传及密咒之力等三方面作了解说。
阿底峡尊者住藏十三年（1042～1054年），大弘佛法，破斥邪论，为此后藏传佛教的流布奠立了良好而深厚的基础，尤其是在显密的次第及经论的研习上。当时西藏诸法师曾向绛曲沃询及来到阿里的班智达的个别功德时，绛曲沃回答：某班智达有如此的功德；某一班智达又有如此的功德。而询及阿底峡尊者的功德时，他目视天空，喉音稳重的说：“他的功德啊！他的功德啊！”表示了阿底峡尊者的功德超越了言说的境界。 最后数年，阿底峡尊者体力衰弱，未讲经论，常住聂塘，撰著了许多显乘、密乘的道歌，以代替对请法者的回答。1054年夏，他以八十三高龄圆寂于聂塘，将自己一百五十七师所传的经论教授，应诵传者诵传，应讲授者讲授，应密传者密传，一生修行的显密精要都留给了西藏人。
阿底峡尊者圆寂后，其灵骨舍利被各处请去供养，但经长期战火，多有散失。唯在种敦巴所建的热振寺中一直被保存下来。1965年巴基斯坦政府（其时孟加拉尚未独立）派使节前往聂唐寺祭祀，还向北京要求迎阿底峡尊者灵塔中的部分舍利，运回孟加拉国供奉。
