我国预算会计存在的问题，归纳起来有两个方面：一是与当前的财政预算管理和改革不相适应的内容，如实施政府采购、国库集中收付、部门预算等改革措施后出现的新问题；二是涉及预算会计核算范围及政府会计报告主体的总体框架问题，如完整反映政府资源、政府债务等问题。要解决上述问题，必须对现行预算会计制度进行改革。我们认为，改革现行预算会计制度，应当正确处理好几个关系，改革应分步推进。
(一)正确认识并处理好几个关系
1 预算与会计的关系预算
与会计密切相关，政府会计能够为编制预算提供有用的会计信息，政府会计是预算管理的基础。特别是在权责发生制基础下，会计能够提供更加充分的、有用的信息，包括政府的各种资产如固定资产、投资、存货等，也包括政府的各种债务。其中，资产不仅反映取得成本，还反映其净值，如对固定资产计提折旧等。这些信息是采用“零基法”编制部门预算的重要依据，如果以“产出法”编制预算，在权责发生制基础下，会计还能提供有关成本及绩效考核指标，因此，没有权责发生制的会计，就无法编制权责发生制的预算。
正因为政府会计是预算管理的基础，所以，在推进预算管理和政府会计改革方面，国外大多数国家的实践是先从政府会计改革入手，经过几年的运行以后，才开始实施预算管理改革。
我国目前正在进行预算管理改革，预算会计改革也在逐步推进，我们应当正确处理好预算改革和预算会计改革的关系，鉴于我国预算会计改革相对于预算管理改革已经滞后，因此，改革预算会计已刻不容缓。
2 权责发生制与收付实现制的关系
权责发生制和收付实现制都是会计的核算基础，只不过在权责发生制下，提供的会计信息更全面。但是，在会计实务中，不论是企业会计，还是政府会计，都没有绝对意义上采用一种核算或报告基础，例如，企业会计中早已采用了权责发生制基础，但是，在企业会计报表中有一张表称为“现金流量表”，该表并非按权责发生制为基础编制，而是对有关账簿记录按收付实现制予以调整，提供各种现金流入、流出的会计信息。从我们了解的国外政府会计实践看，已在政府会计中引入权责发生制的国家，没有一个国家完全抛弃收付实现制的有关信息，均有一张重要的报表，即“现金流量表”。实际上权责发生制能够全面反映政府的资产和负债，可以更好地帮助经济决策，而收付实现制则能反映现金的流入、流出以及存量，以便帮助政府作出合理的财政收入政策以及确定债务规模，只有两者相结合，才能反映全貌。从现金流量表的编制原理上讲，该表正是以收付实现制为基础编制的。
在推进我国预算管理和会计改革时，引入权责发生制是一个必然的选择，但是，我们在认识上不能偏颇，不能一谈到权责发生制，就忽视了收付实现制的有关信息。
3 坚持中国特色与借鉴国惯例的关系
从国外的实践看，权责发生制基础在加强政府的资产和负债管理，控制财政风险，提高政府预算及会计信息的透明度等方面都比收付实现制具有明显的优势，目前，引入权责发生制基础已成为国际上政府会计改革的一个新趋势。我国要实行社会主义市场经济条件下的公共财政制度，加强预算管理，借鉴国际通行做法，逐步引入权责发生制是十分必要的。但是，我国的政治制度、行政管理体制等方面与国外差异较大，国情不同，我们不能简单地照搬国际经验，而应根据我国的实际情况，稳步推进。
在制定我国的政府会计制度时，凡是国际公立单位会计准则已经有规定的或已被大多数国家普遍采用的会计原则及核算方法，如果与我国现行的法律规定不相矛盾，而且我国现行实务中已经存在该类业务的，则尽可能借鉴吸收，尽量少走弯路。凡是我国实务中特有的业务、特有的政策规定，则应立足国情，有针对性研究制定相应的会计规范。
(二)预算会计改革应分步推进
由于我国的预算会计环境已发生重大变化，对现行预算会计进行改革，已成为当务之急。在具体推进预算会计改革时，应分两步走。
第一步，对与当前的财政预算管理改革不相适应的内容，应抓紧制定相应的会计核算规范，对现行预算会计制度进行补充和完善。
对于实施政府采购、国库集中收付制度以后出现的新业务，如由于财政资金流向变化而引起的收入和支出的计量、确认问题，购入工程物资的计价问题等，应分别在财政总预算会计和行政、事业单位会计中做出相应的补充规定，在具体会计核算方法的选用上，凡是以收付实现制为基础的账簿记录已不能真实反映经济业务事项的，应部分引入权责发生制。同时，为了适应编制部门预算的需要，应将固定资产购建业务纳入行政、事业单位的会计核算中，并对行政、事业单位的固定资产采取折旧政策，真实反映各单位的资产存量及使用情况。
第二步，着手研究制定我国的政府会计体系和政府财务会计报告制度，新制度出台后，可先在部分地区和部门试行，视条件成熟后再全面推开。
由于我国现行预算会计制度适应范围过窄，会计对象主要是预算资金的收支活动，难以全面核算和反映政府的经济资源占用及使用情况，也难以核算和反映政府的债务规模及偿债情况，所以，应对预算会计从整体框架上进行全面改革，研究制定我国的政府会计核算制度和财务会计报告制度。新制度出台后，为稳妥起见，可先在部分地区和部门进行试点，待条件成熟后再全面推开。这种先试点再推开的做法，实施起来比较稳妥，也是大多数国家的成功经验。
