眼睑痉挛是由于神经肌肉的兴奋性增高引起的。
良性特发性眼睑痉挛：发病原因和病理生理机制尚不明确。多数学者认为其发病机制可能与脑部基底节的损害，黑质-纹状体、γ- 氨基丁酸能神经元功能低下导致多巴胺能受体超敏或多巴胺递质失衡，胆碱能神经的过度活跃有关。
继发性眼睑痉挛：往往是由眼科或神经科的明确疾病引起的。在众多原发性因素中，迟发性肌张力障碍是引起眼睑痉挛等继发性肌张力障碍疾病最常见的病因，其临床表现为面部、下颌、颈部、躯干、四肢的持续性肌张力障碍样动作，而眼睑痉挛可能是迟发性肌张力障碍的首发症状。
其他因素：此外，服用多巴胺受体阻断药物（抗精神病药）、拉莫三嗪（抗癫痫药物）等药物也会诱发眼睑痉挛。另外，脑卒中、多发性硬化、丘脑手术、脑积水等疾病均可能导致眼睑痉挛的发生。