物流运费的计算方式是：一般来说公路运输重货按吨算,轻货按立方算。
具体的计算方法如下:
一、总运费的计算：
1、托运方将物品送到承运方的指定地点，由承运方将货物从A地运到B地，收货方应到B地指定地点收货，此种运费只收单独的承运费，不应有任何附加费。
2、承运方到托运方所在地提取货物，然后将货物运达目的地，但是没要求送货，此种运费是物流承运费加上小车费（承运方提供到托运方提货的车）。
3、托运方将货物送达承运方地点，但到达目的地后要求送货，运费应为物流运输费加上送货费，如要求承运方提供卸货，应在运输单上注明，相应卸货费、上楼费应加上。
4、托运方要求上门提货，送货上门，运费应是提货费加运费，加送货费，卸货费与上楼费另算，提货费与送货费按路程远近与货物多少来计算。
5、特殊物品运费相对比普货高（如钢琴，精密仪器，设备，超大件，危险品等）。
二、运费的计算：
先按重量吨或尺码吨计收，然后再加若干从价运费，表现在运价表中为：
1、按重量吨计收，称为重量吨，表内列明“W”，以每公吨或每长吨为计算单位。
2、按货物体积计收，称为尺码吨，表内列明“M”，一般按1立方米或40立方英尺为一尺码吨作为计算单位。
3、按体积或重量，由船方选择而计算，表内列为“W/M”。
4、按商品的FOB价值的一定百分比计收，称为从价运费（Ad Valorem）,表内列明为AdVal或A.V。
5、按混合标准计收，如W/M plus AV 等。即按重量吨或尺码吨再加从价运费。
此外，还有一些商品是按件（per unit） 或头（per head）计收，前者如车辆等，后者如活牲畜等。
对于大宗商品，如粮食，矿石，煤炭等，因运量较大，货价较低，容易装卸等原因，船公司为了争取货源，可以与货主另行商定运价。
根据运价表计算运费，是一项比较复杂的工作，不仅需要熟悉运价表的基本内容，还需要细心工作，在计算运费时，除按照航线和商品的等级，先按基本费率（Basis Rate）算出基本运费，然后还要查出各种附加费用的项目，并将需要支出的附加费一一计算在内。
这些附加费用项目较多，例如，因商品的不同，港口不同，或其他原因，都可能有附加费，还要随时掌握它的变动情况。
附加费大致有以下几种：
1、商品特点不同而增收的附加费，如超重附加费，超长附加费，洗舱费等。
2、因港口的不同情况而增收的附加费，如港口附加费、港口拥挤费、选港费、直航附加费等。
3、因其它原因而临时增加的附加费，如燃油附加费、贬值附加费等。
实际上附加费的名目繁多，远远不止上述这几种。值得注意的是，有些附加费，例如港口拥挤费，占运费的比例很大，与基本运费相比，少则百分之十，多则达百分之百，甚至两倍以上。因此，在计算运费时，不可忽视对附加费的计算。
举例说明：
某轮从上海装运10吨，共计11.3立方米蛋制品，到英国普利茅斯港，要求直航，全部运费是多少？
解：经查货物分级表可知，蛋制品是10级，计算标准是W/M;
查中国－欧洲地中海航线等级费率表之10级货物的基本费率为116元/吨；
经查附加费率表可知，普利茅斯港直航附加费，每计费吨为18元；燃油附加费为35％。
所以，全部运费为： F=(116＋116X35％＋18) X11=1920.60元
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