自来水厂所用的水源，一般为地面水或地下水。任何地面水或多或少都受到生活污水和工业废水的污染，就是已经通过混凝沉淀、过滤等净化处理，但也不能把有害的细菌、病原菌及其它微生物完全去除。水源是地下水时，水质虽然较好，但也会受到不同程度的污染，尤其是浅层地下水，容易受到周围环境、特别是生活污水的影响和污染，这些有害的细菌，成为人体有害的传播介质。同时，自来水在输送和贮存过程中，可能会受到细菌污染，为了保障人民的身体健康，防止水致疾病的的传播，使供水水质达到GB5749—2006《生活饮用水卫生标准》，必须采用消毒来保证水质，通过消毒处理后的自来水可以控制消除水中的病原菌、病毒和其他致病性病菌传播的问题，《生活饮用水卫生标准》中要求消毒液与水的接触时间不少于30分钟后，出厂水及给水管道的管网末梢水维持一定的消毒剂余量就可以保证饮用水的安全。
自来水消毒常用的几种消毒方法有以下几种：
（1）漂白粉消毒：
漂白粉可以直接干粉抛洒或用水溶解后投加，操作简单，运行费用低，但效果最差，现在基本不用。
（2）液氯消毒：
用氯气钢瓶配套加氯机进行投加，液氯在水中能迅速产生次氯酸根离子。液氯中有效氯含量比次氯酸钠溶液高3.5倍，消毒能力强且价格便宜。但是这种方法对有些病毒、芽孢无效，残毒且产生臭味，使用安全性差，设备因腐蚀易发生泄漏事故。杀菌效果较差，且氯与水中有机物会生成有毒的致癌氯代有机物，现仍有大型水厂在使用。
（3）次氯酸钠消毒：
次氯酸钠发生器是电解食盐水产生次氯酸钠进行投加消毒，因设备寿命短，运行费用较
高，使用效果较差。
（4）臭氧消毒：
通过臭氧发生器产生，杀菌效果好，但设备投资大，运行费用高，维护困难，没有持续杀菌能力，一般在出厂水中需补加其它含氯消毒剂，以保证管网末梢能测到余氯，使消毒剂在管网中具有持续杀菌能力。目前只有极少数水厂在用。用臭氧消毒制水成本大约为 0.05 元/吨水。
（5）紫外线消毒：
设备昂贵，运行费用很高，消毒效果一般，使用次方法消毒的水厂很少。
（6）二氧化氯消毒：
分现场制备和成品制定两种方式。
1.化学法发生器使用两种化学原料现场发生产生二氧化氯，因设备工艺不同产生的二氧化氯的量不一样，影响杀菌效果。
2.成品制定：工厂生产成品二氧化氯消毒剂，通过投加装置加入自来水中。二氧化氯消毒剂在自来水消毒中的优势逐渐体现出来。
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