明朝皇帝朱允炆的死，历史上没有确凿的证据，有以下四种说法：一是“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“；二是出家为僧；三是自焚而死；四是遁入空门。
一、“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“
（在燕兵攻陷京师后，朱允炆）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！
“朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃“（《明实录·太宗实录》）。“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。““上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上！“。
二、出家为僧
主要的证据：龙池寺遗址碑刻记载“夫山曰安昙寺曰龙池”、“自大明皇朝先师铁峯悟真流亡”、“剃本靖为僧‘燕师’”等；梅木塘碑刻记载“圣帝之寿诞，为同人之嘉节，首士齐集虔诚致祭，誓词惟皇上御极之年岁次月日等谨以，二帝神位前曰，惟二帝职司阴鉴”等。
三、自焚而死
据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，朱允炆继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役“。
不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。
朱允炆眼看大势已去，下令焚宫，顿时火光熊熊，朱允炆携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允炆下落。宫内侍人都说朱允炆已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。
燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝“。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
四、遁入道门
据有学者考证，朱允炆晚年化名詹碧云，隐踪在江西上饶玉山三清山任三清宫住持道士，在三清福地借修建道教宫观为掩护，巧妙修筑了“明治山詹碧云藏竹之所“的陵墓和其他相关石雕、楹联、三清山石刻260余处，留下了“风流建水翁承赞，樽酒论文千载同“、“方豪上“、“都俞脱生“、“壶市安井“等一系列可供考研的石刻隐逸文化密码。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对朱允炆自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，朱允炆削发为僧外逃了。
五、朱允炆简介
朱允炆（1377年12月5日—？），明朝第二位皇帝，汉族，明太祖朱元璋之孙、懿文太子朱标次子，1398年6月30日－1402年7月13日在位，年号建文，故后世称建文帝，又作朱允文、朱允汶。
明洪武十年（1377年）12月5日，朱允炆出生于应天府（今南京），洪武二十五年（1392年）其父朱标病死，朱允炆被立为皇太孙，明洪武三十一年（1398年）继位为帝，朱允炆在位期间增强文官在国政中的作用，宽刑省狱，严惩宦官，同时改变其祖父朱元璋的一些弊政 ，史称“建文新政”。
朱允炆于靖难之役后下落不明，时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为发丧，追谥孝愍皇帝，庙号神宗，壬午以后谥不行。至南明弘光元年七月，以与显皇帝庙号复，改庙号惠宗，谥号为嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝，后世称为明惠宗，清乾隆元年上谥号为恭闵惠皇帝，简称惠帝。