京津冀区域一体化远非纸面上来的容易。参与规划编制的专家、国务院发展研究中心发展战略和区域经济研究部高明告诉记者：“北京市三地之间的经济、产业政策、发展规划存在诸多的问题。”
以京津为例，京、津两市虽处在一个经济区内，但行政地位、经济实力相近，缺乏珠三角区域系统行政同属一省那样的共同利害关系，也缺少长三角区域系统以上海为绝对中心来统领整个区域的内在凝聚力。
另一方面，京津在以往的产业政策上求大求全，均强调“一个不能少”，导致产业结构自成体系、自我封闭，使得产业结构趋同加剧，相互之间争资源、争项目、争投资过度竞争和封闭竞争严重，许多重复投资和重复建设不仅造成不必要损失，还造成整个区域资源使用浪费和经济发展水平相对滞后。
与此同时，区域基础设施建设发展滞后问题已经显现出来。
《京津冀都市圈区域规划研究报告》指出，如果从京津冀都市圈区域发展一体化要求分析，区域性基础设施网络尚未形成，同区域一体化的目标要求还有较大的距离。
《报告》称，区域性基础设施网络对区域经济一体化进程的约束作用很明显，特别是在一些区域性港口、机场、跨地区高速公路和城际快速通道建设中，缺乏必要的统筹安排。另外，由于该区域一体化进程缓慢，市场机制的作用还不足以对京津冀都市圈的区域格局重组产生根本作用，因此该地区的经济一体化进程应该首先从基础设施建设一体化建设开始。
以港口建设为例，目前存在的突出问题是：京津冀各港口都在加大建设力度，同时又有新的港口出现。而每个港口规划的发展前景，通常都是向着高效益的综合性港口发展，未来港口功能将可能全面重复。这对于腹地共享、服务对象有限的京津冀都市圈港口体系的发展而言，无疑将是巨大的浪费。
报告指出，在该地区的港口建设中，要通过统一规划，合理布局，形成以天津为枢纽港、其他港口各有分工的港口体系，并通过铁路、高速公路等把主要港口和以京津为核心腹地、以辽东和山东半岛为重要支撑的环渤海地区联系为一个整体，从而改变港口重复建设，低水平竞争，与腹地联系薄弱，后方集疏系统不能合理配套的局面。
此外，科技创新优势在都市圈内产业化和区域经济发展方面的辐射带动作用有限。北京与天津和河北的合作则只占极少的比例，其55%左右的技术合同是面向全国的；交通运输网络的发达程度居全国前列，但京津冀都市圈内部城市之间的通达性却并不理想。
