松杉园 松杉园位于万石湖西边，园内有小池一口，池边有松鹤亭，亭的对面有一块岩石刻着松鹤园三字，池中有五只仿真白鹤，有的展翅欲飞，有的停立水中观望，有的觅食池中，有的休息，各种形态都很逼真。园内种植的松、杉、柏、桧等七八十种，其中最引人注目的有古代孑遗植物－－水杉、银杏，这是200万年前冰川年代遗留下来的稀贵的树种，被人们称为活化石。此外，还有世界四大观赏树，即中国金钱松、日本金松、南洋杉、意大利柱柏。这几种树，树姿优美，百看不厌，被称为风景树。松杉园后面还有前美国总统尼克松访华时赠送的世界爷－－红杉以及智利南洋杉等。
此外，在美丽的莲花池中生长着植物界奇物王莲，叶面直径2米。更奇特的是叶边缘上卷20公分，可负重70多公斤，男孩女娃可坐在叶面上，煞是好看。 棕榈园 棕榈园位在万石湖上方，因种棕榈而命名，也称棕榈岛。此处有六七十种外来乔木。其中有林中美人柠檬桉、鱼尾葵、蒲葵、意大利棕、西印度箬棕、大王椰子、世界油王油棕、印尼糖棕等，这些棕榈，不仅美化环境，供人观赏，而且其中不少具有很高的经济价值。 仙人掌世界 仙人掌世界，沿环山公路至半山腰。占地面积4万平方米，主展区含室外展区和展览温室两大部分。室外展区的大型多肉植物和仙人掌类雄伟壮观，在室外进行大规模的仙人掌植物造景，这在国内还是第一次。这里有从澳大利亚引进的形如巨瓶的瓶干树，体型高大的象腿树、酒瓶兰、露兜树和各种仙人掌：展览温室里形态各异的仙人掌与多肉植物争奇斗艳，这里有中国内自行栽培最大的，在中国首届花博会、香港花卉展览和昆明世界园艺博览会中屡获殊荣的金琥王，有国内罕见的鬼、神仙玉、龟纹木棉、青紫葛、武伦柱，还有从南非引种的生石花、棒叶花等多肉植物小盆栽。
多肉植物 在紫云岩左上侧，为巨型透明螺壳，有盆栽仙人球掌、仙人柱、仙人球、仙人鞭等，其中最突出的是金球刺鱼虎仙人球，生长30多年，直径90多公分，是仙人球之王。仙人柱高达3米，算是罕见的一种。据说，厦门仙人掌科植物有500多种，名列全国第一，仙人掌有极高的观赏价值、药用价值、经济价值和科研价值。它是研究植物分类学和植物进化的重要标本。 南洋杉草坪 南洋杉草坪位于万石湖南侧，占地12万平方米，是园内具有明显特色的景区之一，种植高大挺拔的各种南洋杉，恰到好处地利用缓坡地表现高、大、宽、广的意境，是游人休憩、嬉戏的场所。 蔷薇园 蔷薇园位于棕榈岛与万石莲寺之间，依地而修，始建于1995年，是一处以种植蔷薇科植物为主的专类园区，区内有“象鼻峰”和“万笏朝天”等景点。园内有大片草坪，节假日游人如织。园内除了栽种蔷薇、月季外，还种植有梅花、桃花、火棘、绣线菊和木瓜等蔷薇科植物。万笏朝天是厦门旧二十四景中小八景之一。过去万石山上未成片植树，远远望去，怪石层叠。成排的岩石一个朝向，似群臣拿着“奏板”在朝拜天子，故得名“万笏朝天”。“象鼻峰”由两石并成，石间隙极小，酷似象鼻，石上镌刻“象鼻峰”三字，是清朝雍正年间厦门海防同知李璋所提。 百花厅 百花厅位于樵溪谷下部汇入万石湖的缓坡地带，始建于上世纪80年代，分两期建设而成，是植物园的主要室内花卉展区。百花厅中心为荷花池，池面上荷花、睡莲、王莲尽展风姿，建筑以传统中式庭园为构架，展厅沿池布置，或以廊连，或以路通，皆白墙粉柱、琉璃瓦顶，错落有致。沿廊顺路可观赏到各色具有南洋庭院风格的花木以及独辟一角的荫生植物棚架。每年的黄金周期间或有重大节庆，都有不同主题的花卉展览在此进行。 雨林世界 雨林世界位于紫云景区内，占地约16公顷，植物园的两大水系之一樵溪横穿其中，区内现存厦门旧二十四景的景外景“紫云得路”和“高读琴洞”，并有厦门市文物保护单位，建于明代万历年间的樵溪桥。雨林世界以有宽大的板状根，具滴水叶尖，茎上开花，绞杀现象，附生等特点的雨林植物为主。 沙生植物区 厦门园林植物园仙人掌世界占地面积4万平方米，栽培各类沙生植物32科1200余种。现为中国最大的仙人掌园，分室外展区和展览温室两大部分。室外展区有形如巨瓶的瓶干树、高大雄伟的武伦柱，还有三角大戟、露兜树等，室外大规模种植、展示仙人掌植物在中国还是第一次。展览温室里各种仙人掌植物争奇斗艳：这里有国内自行栽培的最大金琥王，有罕见的金刺般若、霸王树、龟纹木棉，还有南非引种的生石花、棒叶花等多肉植物。 裸子植物区 裸子植物多为乔木，少灌木和藤本，多常绿，稀落叶。木质部多由管胞组成，韧皮部无伴胞。叶针形、条或鳞形，少为阔叶状。孢子叶球常单性，小孢子叶聚生成小孢子球（雄球花）；大孢子叶丛生或聚生成大孢子叶球（雌球花），胚珠裸露在大孢子叶上。
全世界现存的裸子植物仅5纲、9目、12科­­、71属，近800种。我国有5纲、8目、11科、41属、236种，其中有不少是“活化石”植物。该园引种栽培有5纲、6目、11科、27属、100多种（含变种），以南洋杉科和苏铁科为引种栽培重点。裸子植物多为用材树种，有不少是优良的园林绿化树种。 苏铁园 苏铁(Cycas revoluta)系苏铁科(Cycadaceae)苏铁属的一种，别称福建苏铁，是现存地球上最原始的种子植物之一，亦是第三纪冰川的孑遗种，被称为“活化石”植物。
该园从20 世纪60年代开始开展苏铁的迁地保育工作，1975年建立苏铁专类园，至今已引种保存泽米铁科6属25种和3个变种，约占世界泽米铁科植物种类的16%。 为倡导广大市民、游客更加重视生态环境的保护，厦门市园林植物园于2014年7月1日起在百花厅举办“生态‘疯情’漫画展”。展览由国际植物保护联盟主办，陕西省西安植物园、厦门市园林植物园承办，展示了中国科普作家协会会员、西安市作家协会会员、陕西省漫画研究会副会长、华商报首批签约作家、“植物 哲学”专栏作家祁云枝女士的63幅科普漫画，阐述了各类生态环境现状，并呼吁共同关注生态、保护生态。
此次展览由五个部分组成，分别为“异化的动物和植物”、“生态‘疯情’”、“动物、植物也幽默”、“从人定胜天到天人和谐”和“抚慰伤痛”。呈现了人类活 动对自然环境的破坏，以及生态失衡导致动植物的一系列变异，同时站在动植物的角度，形象地描绘出它们的情绪和举动，最后呼吁公众共同保护自然环境，关注动 植物，倡导天人和谐。 近年厦门园林植物园主要科普活动 时间活动 2015-11-23我园助力福建省简单助学公益协会主办的山村儿童城市之旅2015-09-30我园参加市科协组织的全国科普日特色活动2015-09-30我园参加2015年思明区“全国科普日”大型广场活动2015-07-132015年植物园“夜趣自然”活动开营2015-04-17我园举办“植物哲学”漫画展2015-03-23厦门市园林植物园百花厅“科普智慧墙”正式与市民游客见面2015-03-17我园与闽南大戏院艺术教育培训中心联办大型公益爱心植树活动2015-03-09我园科普展馆荣获厦门市“学雷锋活动示范点”荣誉称号2013-11-01“保护生态环境，建设美丽厦门”科普进校园活动顺利举办2013-09-23我园参加2013年思明区“全国科普日”广场活动2013-09-112013年厦门市园林植物园“夜趣自然”圆满落幕2011-09-26植物园积极参加2011年全国科普日活动2011-06-28厦门植物园开展“植绿·爱绿·护绿—2011年植树节科普赠书活动”2008-10-22十大优秀科普基地评选考察团2008-10-22为联合国南南合作组织学员授课2008-10-222008科普日2008-10-212008倡导生态文明 喜迎绿色奥运20072007希望快车夏令营2006植物园参加2006年3月厦门市花车展20062006科技乐夏令营2005植物园参加2005厦门市全民参与绿化共建美好家园活动20042004中小学生生物科技夏令营20042004厦门双十中学学生干部生态环保夏令营20042004年7月中小学生生物科技夏令营
厦门园林植物园是福建省第一个植物园，展示了千奇百怪的植物世界。