文殊菩萨为佛教菩萨，文昌帝君为道教帝君。这就是二者本质上的区别。
文殊菩萨为佛教四大菩萨之一。与般若经典关系甚深，故称为大智文殊师利菩萨 。
文殊菩萨与普贤菩萨同为释迦牟尼佛左右胁侍，世称“华严三圣”。应化道场为山西五台山。
据《文殊师利般涅槃经》所记载：文殊菩萨是舍卫国多罗聚落梵德婆罗门之子。后来诣仙人处，求出家法，却无酬对者，乃皈依佛，出家学道，住首楞严三昧，行稀有难事，佛涅槃后五千四百岁时至雪山，为五百仙宣畅演说十二部经，后还本生地，在尼拘楼陀树下入涅槃。依照佛教典籍所载，文殊菩萨是过去世无量诸佛的老师，曾经引导无数的修行者证得佛果。在《放钵经》中，佛陀也说：今我得以成佛，都是文殊菩萨的恩德！过去无数诸佛，也都是文殊师利弟子，未来当成佛者，也都是文殊菩萨威神力所致。就好像世间的小孩有父母一样，文殊菩萨是一切众生在佛道中的父母。
文昌帝君是汉族民间和道教尊奉的掌管士人功名禄位之神。文昌本星名，亦称文昌星，或文星，古时认为是主持文运功名的星宿。
文昌封为帝君，并且又称梓潼帝君，当是元仁宗时之事。元仁宗延佑三年(1316年)封梓潼神为“辅元开化文昌司禄宏仁帝君”。梓潼神与文昌神合为一神。《明史》的《礼志》称，“梓潼帝君，姓张，名亚子，居蜀七曲山，仕晋战殁，人为立庙祀之”。张亚子即蜀人张育，东晋宁康二年(374年)自称蜀王，起义抗击前秦苻坚时战死。后人为纪念张育，即于梓潼郡七曲山建祠，尊奉其为雷泽龙王。后张育祠与同山之梓潼神亚子祠合称，张育即传称张亚子。唐玄宗入蜀时，途经七曲山，有感于张亚子英烈，遂追封其为左丞相，并重加祭祀。唐僖宗避乱入蜀时，经七曲山又亲祀梓潼神，封张亚子为济顺王，并亲解佩剑献神。宋朝帝王多有敕封，如宋真宗封亚子为英显武烈王，宋光宗时封为忠文仁武孝德圣烈王，宋理宗时封为神文圣武孝德忠仁王。元仁宗延佑三年(1316年)敕封张亚子为辅元开化文昌司禄宏仁帝君。于是梓潼神张亚子遂被称为文昌帝君。
