甲醇燃料电池（Methanol fuel cell, MeOHFC）可以分为酸性和碱性两种类型，具体反应方程式如下：
酸性甲醇燃料电池： Anode：CH3OH + H2O → CO2 + 6H+ + 6e- Cathode：1.5O2 + 6H+ + 6e- → 3H2O Overall：CH3OH + 1.5O2 → CO2 + 2H2O
其中，酸性燃料电池使用质子交换膜(PEM)将阴阳离子分隔开，因此其反应是在酸性介质中进行的。
碱性甲醇燃料电池： Anode：CH3OH + OH- → (CO2 + H2O + 6e-) Cathode：O2 + 2H2O + 4e- → 4OH- Overall：CH3OH + 1.5O2 + H2O → CO2 + 3H2O
与酸性燃料电池不同的是，碱性燃料电池使用氢氧化钾（KOH）等强碱作为电解液，因此其反应是在碱性介质中进行的。需要注意的是，碱性燃料电池的反应会产生OH-，因此电池极化相对较小，而且具有更高的能量密度。