经过长期的科研积淀，学院在动物胚胎工程、动物克隆及干细胞工程、生物毒素与中毒病、家畜生殖内分泌、神经生物学及畜禽重大疫病防控等研究领域形成了特色与优势，有的研究处于国际先进水平或国内领先水平。我国动物胚胎工程专家张涌教授攻克了山羊体细胞克隆技术难关，获得世界首例体细胞克隆山羊，利用动物体细胞克隆技术结合基因编辑技术创制了世界首例人β防御素转基因奶牛和转Ipr-1基因抗结核病奶牛，2016年获得国家科技发明二等奖。著名动物胚胎工程专家窦忠英教授在干细胞研究方面获得重大突破，成功从人胚胎干细胞分化诱导得到心脏跳动样细胞团。
学院始终瞄准高新科技前沿，坚持围绕国家和区域性重大战略需求，积极开展面向农业生产实际的应用基础和应用研究。目前，学院承担科研项目156项，其中，转基因重大专项1项，子课题1项；国家重点研发计划课题4项，子课题12项；国家自然基金重点项目2项、其他项目59项；合同总经费11702.66万元。先后获得国家技术发明二等奖1项、陕西省科技进步一等奖2项、陕西省科技进步二等奖3项；近五年获国家授权发明专利65件，发表学术论文1100篇，其中SCI收录论文643篇。
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