播种时在种子旁或随同种子一起施下的肥料称为种肥。施用种肥可满足玉米苗期对养分的需要，促进根系发育，增强吸收养分和水分的能力，有壮苗和提高苗期抗旱、抗寒的作用。同时，施用种肥为玉米雌雄穗分化、提早授粉成熟创造有利的营养条件。
在土壤肥力水平较低、基肥用量少或不施基肥、抢茬播种夏玉米的情况下，施用种肥增产效果明显。施用少量的氮素化肥作种肥往往有较好的增产效果。氮肥中硫酸铵适宜作种肥，而尿素、碳酸氢铵、氯化铵等一般不宜作种肥，否则容易发生烧种、烧苗。氮肥机械施肥安全用量为每公顷15～30kg氮。施肥位置宜在种子旁或种子下5～6cm较为安全。如果人工施肥，不论穴施或条施，最好与有机肥、磷肥混合均匀后施用，肥效较好。
以水溶性磷肥作玉米种肥，对根系伸长发达，增强抗旱能力，都比氮钾肥明显。如果播前未能施用磷肥作基肥，可用磷酸二铵等氮、磷复合肥或粒状过磷、酸钙作种肥。过磷酸钙用量为每公顷75～120kg。缺钾土壤也可用少量的钾肥作种肥，可选用硫酸钾或氯化钾。也可用氮、磷、钾复混肥（15-15-15）100～120kg左右。
玉米种子粒大，肥料不宜与种子混播，种肥应施在种子侧方5cm处。采取条施或穴施，使其与种子隔离或与土混合，以防止烧种、烧苗。如以氮、磷、钾化肥混合作种肥时，施肥数量要比单施酌减。玉米施用种肥一般可增产10%左右。据黑龙江肥料网实验结果，磷肥单施平均增产4.2%，氮肥单施平均增产12.2%，氮、磷配合作种肥增产20.7%。除化肥外，也可施用腐熟的有机肥作种肥，条施或穴施。