设立民办教育发展专项资金，部分常委会组成人员和省人大教科文卫委员会审议认为，县级以上人民政府都应当设立民办教育发展专项资金，并规定其用途及管理办法。对此，一审修改稿规定，县级以上人民政府应当将民办教育纳入整个教育事业统筹安排，设立民办教育发展专项资金，用于资助民办学校发展，表彰和奖励有突出贡献的集体、个人。
对于民办学校建校征用土地的土地使用权，一审修改稿规定，民办学校愿意以出让方式依法取得土地使用权的，县级以上人民政府可以优先将土地使用权出让给民办学校。民办学校以划拨方式或者出让方式取得土地使用权，出资人不要求取得合理回报的，享受与公办学校同等的税费待遇。
享受五种优惠政策
一审修改稿规定，民办学校依法享受国家规定的税收优惠政策和同级同类公办学校基本建设的优惠政策，依法享受以下五种国家规定的优惠政策：对从事学历教育的学校提供教育劳务取得的收入，免征营业税；对学校从事技术开发、技术转让和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税；对学校取得的财政拨款，从主管部门和上级单位取得的用于事业发展的专项补助收入，不征收企业所得税；对托儿所、幼儿园提供养育服务取得的收入，免征营业税；其他税收优惠政策。
鼓励企业为民办学校贷款担保一审修改稿规定，民办学校可以以教育设施以外的财产作抵押，向金融机构申请贷款；但不得以划拨方式取得的土地使用权抵押贷款。鼓励金融机构对民办学校实行信用贷款，鼓励国有资产经营公司、国有投资公司以及其他企业和社会财团为民办学校提供贷款担保。一审修改稿还规定，民办学校举办者应当与教职工签订聘用合同或者劳动合同，并按照同级同类公办学校教职工的标准，为学校教职工缴纳社会保险费。