国务院港澳事务办公室和中联办的行政级别是一样的，都是正部级机构。
国务院港澳事务办公室职能：
1、贯彻执行“一国两制”方针和中央对香港、澳门的政策规 定，执行香港特别行政区基本法、澳门特别行政区基本法。
2、了解香港、澳门的有关情况，提出政策建议。3
3、负责与香港、澳门特别行政区政府的有关工作联系。
4、承办国务院交办的与香港、澳门有关的法律事宜，就基本法实施涉及的相关法律问题研究提出意见。
5、负责指导和管理内地与香港、澳门因公往来的有关事务，协同有关部门和地方推动与香港、澳门在经济、科技、文化等领域的交流与合作。
6、参与拟订对驻香港、澳门中资机构有关管理的政策，参与内地企业和中资机构在香港、澳门的有关协调工作。
7、对中央驻香港、澳门机构提出的有关事宜提供意见、建议和工作协助。
中联办职能：
1、联系外交部驻香港特别行政区特派员公署和中国人民解放军驻香港部队。
2、联系并协助内地有关部门管理在香港的中资机构。
3、促进香港与内地之间的经济、教育、科学、文化、体育等领域的交流与合作。联系香港社会各界人士，增进内地与香港之间的交往。反映香港居民对内地的意见。
4、处理有关涉台事务。
5、承办中央人民政府交办的其他事项。