番茄灰灰霉病预防容易防治难，主要以预防为主；田间摘除病果及病花叶时一定要装入塑料袋中，并带出大棚进行掩埋，防止人为传播；棚温达到发病温度时浇水前要用一次药，防止浇水后不能及时用药且湿度大造成病害集中发生；注意及时放风调节棚室温湿度。使用药剂要注意不同种类药剂轮换使用，以免病菌产生抗药性。
1)使用单剂防治：可选用C2组杀菌剂如啶酰菌胺，或选用D1组杀菌剂如嘧霉胺，或选用E3组杀菌剂如异菌脲、腐霉利和乙烯菌核利等，或选用H4组杀菌剂如多抗霉素，或选用M组杀菌剂百菌清等。
使用复配制剂防治：可选用C2组杀菌剂如啶酰菌胺和C3组杀菌剂如醚菌酯混合使用，或选用D1组杀菌剂如嘧霉胺和M组杀菌剂百菌清混合使用，或选用E3组杀菌剂如异菌脲和M组杀菌剂福美双混合使用
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