故事在阿尔米亚地方展开。故事开始时,玩家在守护者学校入学,在完成基础任务之后,就会毕业。
玩家会在开始时选择性别,然后决定名字,默认的名字分别是小初和小瞳。
玩家在从守护者学校毕业之后,会拥有自己的搭档口袋妖怪,随着完成特定的委托,就会增加搭档口袋妖怪,分别是小卡比兽,草苗龟,小火焰猴,波加曼,圆法师,魔尼尼,头盖龙,盾甲龙,不良蛙,腕力,帕奇利兹,姆克儿,怪河马,雪笠怪,梦妖,狃拉和圆陆鲨,一共17种,分别对应了17种基本属性。
反派组织是暗暗队。暗暗队通过遥控装置控制口袋妖怪的行动。
玩家可以乘坐在口袋妖怪上横渡河流、海沟或者冰山。
可以通过守护者网络下载特别任务,可以借此获得玛纳霏的蛋(现在已经无法下载)。