行政处罚案件中指导意见不能作为法律依据。指导意见不是法律和行政法规，规章等，不能作为法律依据，但是在行政处罚案件中是重要的指导和参考。如同蕞高人民法院的指导案例。
法律分析
行政处罚案件中指导意见是不能作为法律依据的，指导意见只能是法律和行政法规，规章等。行政处罚是指行政机关依法对违反行政管理秩序的公民、法人或者其他组织，以减损权益或者增加义务的方式予以惩戒的行为。这是首次以立法的形式明确“行政处罚”的定义。行政处罚的主体是行政机关或法律、法规授权的其他行政主体。应当注意两点：第一，某一特定行政机关是否拥有处罚权和拥有何种、多大范围内的处罚权，都由法律、法规予以明确的规定；第二，虽然行政处罚权主要是属于行政机关的，但如果经由法律授权或行政机关委托，行政处罚权的实施权亦可由被授权、被委托的组织行使。行政处罚的对象是作为相对方的公民、法人或其他组织。这一点使之区别于行政机关基于行政隶属关系或监察机关依职权对其公务员所作出的行政处分。行政处罚的前提是相对方实施了违反行政法律规范的行为。也就是说，只有相对方实施了违反行政法律规范的行为，才能给予行政处罚；再则，只有法律、法规规定必须处罚的行为才可以处罚，法律、法规没有规定的不能处罚。
法律依据
《中华人民共和国行政处罚法》 第一条 为了规范行政处罚的设定和实施，保障和监督行政机关有效实施行政管理，维护公共利益和社会秩序，保护公民、法人或者其他组织的合法权益，根据宪法，制定本法。
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