病毒和细菌统称为病菌，它们可经皮肤、呼吸道、生殖道、泌尿道等临接外部环境的各种门户入侵人体，入侵后遇有易感染细胞便造成感染，至于病菌经过哪种门户入侵身体，入侵后定居在身体的什么地方进行生长繁殖，则往往有各自特定的部位和特定的易感染细胞。例如，流感病毒是随空气被吸入呼吸系统后，在呼吸道上皮细胞内进行繁殖而不感染其他器官；伤寒杆菌经口腔进入肠道后在肠道的淋巴组织内生长繁殖；白喉杆菌主要在上呼吸道繁殖；肝炎病毒主要侵犯肝脏细胞；乙脑病毒常侵犯脑组织；免疫缺陷病毒则侵犯血液中的淋巴细胞等。
病菌在入侵的局部生长繁殖后形成的病灶可向临近组织直接扩散，但在发病上晚重要的是，病菌几乎毫无例外地先侵入结缔组织，并且钻进淋巴管到达局部淋巴结，然后再循淋巴导管进入血液循环。如果是以昆虫为媒介的病菌，还可通过昆虫的叮咬，穿破皮肤直接将病菌送人血液中。