合肥学院化学与材料工程系在科学研究方面取得了多项显著荣誉。刘俊生教授在新型荷电膜的制备及其应用基础方面，凭借其研究成果荣获2007年度安徽省科学技术奖自然科学类二等奖，展现出在非水相催化领域的重要贡献（刘俊生（4）, 2007安徽省科学技术奖自然科学类二等奖）。
杨本宏教授的科研成果同样出色，脂肪酶的非水相催化及应用研究获得2007年安徽省高等学校省级优秀科技成果奖二等奖。他的相关论文如Rhizopus delemar菌固态发酵生物量测定及其脂肪酶合成特征，荣获2003年安徽省第四届自然科学优秀学术论文奖三等奖，以及非水溶剂中Rhizopus arrhizus脂肪酶催化合成酯的最佳条件研究同样获奖（杨本宏（1），2003/2007安徽省自然科学优秀学术论文奖三等奖）。
海藻酸钠固定化根酶脂肪酶的研究，以及聚丙烯醛微球的制备与研究，同样由杨本宏教授指导，各自获得了2007年安徽省第五届自然科学优秀学术论文奖三等奖。丁明教授也凭借其在微粉流态化粒度分级的研究，获得了相应奖项（丁 明（2），2007安徽省第四届自然科学优秀学术论文奖三等奖）。
在论文奖项方面，合肥学院的鲍巍涛、邓崇海获得了优秀科研成果奖，张全争和刘俊生、邵国泉则荣获优秀论文奖，朱仁发、高大明也因其论文成果获得了优秀论文奖（1. 优秀科研成果奖一，合肥学院 鲍巍涛；2. 优秀科研成果奖二，合肥学院 邓崇海；3. 优秀论文奖一，合肥学院 张全争；4. 优秀论文奖二，合肥学院 刘俊生、邵国泉；5. 优秀论文奖三，合肥学院 朱仁发、高大明）。
化学与材料工程系是我校最早建立的工科系之一，拥有一支教学力量强、学术思想活跃、思想素质好的师资队伍。全系教学、科研、实验用房总面积达9000多平方米，具有完善的实验、科研和各种近代分析仪器及设备。拥有国内外精密测试仪器25台，大型专业实验设备40多套。接受世界银行28万美元贷款和德国下萨克森州50万马克资助。