芽孢和孢子的区别主要体现在有无繁殖能力。
孢子是繁殖细胞，是用来繁殖新个体的，芽孢是细菌在恶劣环境下形成的休眠体，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时，重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，不能繁殖。芽孢是一种细菌结构，抗逆性很强，在不良情况下有芽孢的细菌绝大部分可以存活，但新陈代谢极慢，这时候不能进行分裂生殖。
孢子是脱离亲本后能直接或间接发育成新个体的生殖细胞。它是有丝分裂或减数分裂的产物，多数为单倍体，少数为二倍体。孢子一般为单细胞，也可能是多细胞的繁殖体。由于它的性状不同，发生过程和结构各有差异差异，形成了孢子的多样性。
芽孢的作用：
1、分类鉴定不同细菌的芽孢具有不同的特点，从形状、大小、表面特征，直到与菌体的关系等都有不同的表现，因此可以作为分类鉴定的依据或参考。
2、科研材料由于芽孢独特的产生方式，成为研究形态发生和遗传控制的好材料。
3、保存菌种芽孢对不良环境有很强的抵抗力，可以保持生命力达数十年之久，在自然界使细菌度过恶劣的环境，在实验室是保存菌种的好材料。
4、分离菌种芽孢的耐热性有袜指助于芽孢细菌的分离。将含菌悬浮液进行热处理，杀死所有营养细胞，可以筛选出形成芽孢的细菌种类。
5、生物杀虫有些芽孢细菌在产生芽孢的同时，可以产生一种双锥形的结晶内含物，称为伴孢晶体孝雹，这是一种蛋白质毒素，可以杀死某些昆虫（特别是鳞翅目）的幼虫。巧好帆
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