南京工业大学有如下学院：
安全环境学部 安全科学与工程学院 、 环境科学与工程学院 、 应急管理学院
材料科学学部 材料科学与工程学院
化学化工学部 化工学院 、 化学与分子工程学院
机械控制学部 电气工程与控制科学学院 、 机械与动力工程学院 、 能源科学与工程学院
健康科技学部 药学院
建筑艺术学部 建筑学院 、 艺术设计学院
经济管理学部 经济与管理学院
人文社科学部 法政学院 、 马克思主义学院 、 外国语言文学学院 、 体育学院
生物制造学部 生物与制药工程学院 、 食品与轻工学院
数理信息学部 计算机与信息工程学院（人工智能学院） 、 柔性电子（未来技术）学院 、 数 理科学学院
土木交通学部 测绘科学与技术学院 、 城市建设学院 、 交通运输工程学院 、 土木工程学院 其他培养单位 2011学院 、 海外教育学院 、 浦江学院
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