自深圳地铁开通以来，其日常运营一直由深圳市地铁有限公司的运营分公司担当重任。这个体系的运营管理具有单一性，确保了城市的高效公共交通服务。
然而，随着城市的发展和规划的变化，深圳地铁的运营模式将有所调整。其中，龙岗线的运营权已经发生了变动。自2011年4月10日起，龙岗线的运营工作交由深圳市地铁三号线投资有限公司负责，这家公司是深圳地铁集团的合并产物，意味着线路的运营将与集团的战略和资源整合更为紧密。
在更早之前，2010年7月，龙华线的运营权已经转移至港铁轨道交通（深圳）有限公司。这家公司以其专业的轨道交通运营经验和国际化的管理视角，为龙华线带来了新的运营模式和提升。
这种运营模式的多元化，不仅反映了深圳城市规划的灵活性，也预示着未来深圳地铁将在保证服务质量的同时，引入更多元化的管理理念和运营策略，以满足日益增长的市民出行需求。
深圳地铁是中国广东省深圳市的城市轨道交通系统。始建于1999年，于2004年12月28日正式通车。随着深圳地铁的开通，深圳已成为大中华地区继北京、香港、天津、上海、广州及台北后第七个拥有地铁系统的城市。截止到2011年6月，深圳地铁2期工程已全线开通，5条线路，全长共计178公里。2012年11月，连续两次出现暂停现象，官方称原因是受到便携式W i-fi的干扰，已对信号系统整改。而列车供应商却否认信号系统存在缺陷。