如果属于政府强制隔离的情况，员工没有违规违法情况的，假如是员工自己的原因造成需要进行隔离的，其隔离期间的薪水发放情况有以下两种选择：
一、经过协商隔离期间可以通过网络在家工作的，公司按照正常出勤支付工资。
二、隔离期无法在家工作的，公司需要给员工支付基本工资等固定工资成分；奖金、提成、绩效、饭补、车补等非固定款项可以不予支付。
拓展资料:
要是属于两地出行导致的隔离或者居家隔离，这种不属于《传染病防治法》所说的隔离，其薪水发放有以下情况：
一、协商过后隔离期间可以通过网络在家办公的，公司按照正常上班出勤给员工支付薪水。
二、隔离期不能办公的，其工资发放情况有以下两种选择：
1、通过协商企业（以企业意向为主）合理安排员工使用各种带薪假期，像是年假、自设的福利假、公休假等（不包括事假），因为这些假期都是带薪假，因此企业要支付员工全额的工资。休完带薪假仍不能上班的，执行第2种选择。
2、如果公司未给员工安排使用带薪假期的，员工停工时间在一个工资支付周期（一般一个月）以内的，公司需要给员工支付固定工资成分，包括基本工资、岗位工资等；超出一个工资支付周期的，公司要给员工发放生活费。不同城市生活费发放标准不一样，譬如北京是不得低于本地最低工资标准的70%，广东是80%，四川是70%，陕西是75%。
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