uniprot怎么看蛋白序列是通过实验获得的

Question

如题所述

Answer 1

1、首先打开官网，在搜索框前面的选择框中选择“gene”，在后面的搜索框中键入“CD47”，点击search。
2、可以在弹出的新页面中查看搜索结果。你可以在这里看到各种相关基因的链接。这里选择单击CD47molecule[HomoSapiens(Human)。
3、在弹出的网页上可以看到这种蛋白质的概要。
4、往下拉，可以看到基因信息、染色体上的位置、表达分布、相互作用、蛋白质和mRNA的序列等其他信息。这里隐藏了所有的信息，只显示标签，有兴趣的人可以自己点击查看。另外，里面的信息可以看引用文献。
5、接下来我们来看看mRNA序列。可以看到序列号、长度、相关文献等。
6、为了能看到mRNA上每个区域的划分、外显子、编码区域、氨基酸序列等，会持续下降。
7、点击前面的“CDS”，最后的序列中就会看到编码靶蛋白质的核酸序列。点击fasta可以下载序列。

Answer 2

在UniProt（Universal Protein Resource）数据库中，您可以通过查看蛋白质序列的“证据标签”（evidence tags）来确定该序列是否是通过实验获得的。UniProtKB（UniProt Knowledgebase）中的大部分信息都有一个或多个这样的证据标签，用以描述信息的来源，例如已发表在科学文献中的实验、来自同源蛋白的数据、其他数据库的记录等。
UniProtKB 中存在五种类型的蛋白存在证据：
（1）蛋白水平的实验证据
（2）转录水平的实验证据
（3）基于同源性推断的蛋白
（4）预测的蛋白
（5）不确定的蛋白
当一个信息片段是基于实验数据时，这些信息会与其原始来源相关联。UniProtKB的自动注释系统或在手动整理过程中使用的序列分析程序所预测的信息也会被链接到其原始来源。
UniProt数据库提供了所有已知蛋白质序列数据的完整汇编，同时链接到关于该蛋白质的实验验证或计算预测的功能信息的摘要。
除了翻译的CDS（编码序列）外，UniProtKB的蛋白质序列也可能来自PDB数据库，或者通过直接蛋白质测序、爱德曼降解或MS/MS实验获得，并提交给UniProtKB/Swiss-Prot。只有大约5%的UniProtKB/Swiss-Prot条目包含通过直接蛋白质测序获得的序列数据。
因此，要确定UniProt中的蛋白质序列是否通过实验获得，您需要查看相应序列的证据标签，并寻找与实验方法（如直接蛋白质测序、爱德曼降解或MS/MS实验）相关联的信息。