芍药花与牡丹花的不同有：叶片形状不同、花杆不同、根部不同、花朵不同、花期不同。
1、芍药花的叶片形状
芍药的叶子是二回三出羽状复叶，叶子长20到24厘米，小叶形状呈椭圆形、披针形或是狭卵形等，叶子的前端尖锐，叶子边缘密集的生长着白色的细齿，叶子颜色有黄绿色、深绿色等。牡丹花的叶子主要分为六种，分别是大形圆叶型、大形长叶型、小叶圆叶型、小形长叶型、中形叶型、特殊叶型。
2、芍药花的花杆
牡丹是落叶灌木，通常能长到2米左右，比较高大，而且落叶后地上的部分并不会枯死。而芍药是草本植物，植株比较矮小，一般来说只有不到1米，而且落叶后地上部分容易枯死。牡丹花杆笔直枝条少，芽间距长，等到秋季时杆茎会变的比较空，还很容易脱皮；牡丹花杆弯曲枝条多，芽间距短，枝条不容易脱皮且比较光滑。
3、芍药花的根部
芍药花的根，由三部分组成：根颈、块根、须根。根颈，并不是芍药花的茎，而是根的最上部，上面生有芽苞。块根，是根颈下方纺缍状或长柱形的粗壮肉质根，内部富含营养，是芍药花生长所需养份的主要来源。须根，从块根上生出的细须，主要是吸收水分的养料。
牡丹根系发达，具有多数深根形的肉质主根和侧根。初生根始为白色，渐变为黄色至褐色，肉质白色，个别红色，肉质中心木质化，俗称“木心”。
4、芍药花的花朵
芍药花形状有圆桃、平圆桃、扁圆桃、尖圆桃、长圆桃、尖桃、歪尖桃、长尖桃、扁桃等数种。外轮萼片5枚，叶状披针形，绿色，从下到上依次减小；内萼片3枚（不包括变种），绿色或黄绿色，有时夹有黄白条纹或紫红条纹，倒卵形、宽卵形、圆形、椭圆形或不规则形。
牡丹花的花朵，花单生枝顶，直径10-17厘米；花梗长4-6厘米；苞片5，长椭圆形，大小不等；萼片5，绿色，宽卵形，大小不等；花瓣5，或为重瓣，玫瑰色、红紫色、粉红色至白色，通常变异很大，倒卵形，长5-8厘米，宽4.2-6厘米，顶端呈不规则的波状；雄蕊长1-1.7厘米，花丝紫红色、粉红色。
5、芍药花的花期
花数朵，生茎顶和叶腋，有时仅顶端一朵开放；苞片4-5，披针形，大小不等；萼片4，宽卵形或近圆形；花瓣9-13，倒卵形，花瓣各色，有时基部具深紫色斑块；花丝长0.7-1.2厘米，黄色。蓇葖长2.5-3厘米，直径1.2-1.5厘米，顶端具喙。花期5-6月；果期8月。
牡丹和其它很多花卉一样，也是在春夏的时节盛开，牡丹花期一般在每年的4到5月份开花，品种不同开花时间会有少许差异，花期在5月，果期在六月。
