宁波市北仑区交通运输局的组织架构包括四个主要职能科室，它们分工明确，各司其职。
首先，综合科（挂行政审批科牌子）负责全局的行政事务协调，包括文秘、调研、保密等工作，以及与人大代表和政协提案的处理。科室负责机关内部的综合文稿编写和重要会议组织，同时负责后勤管理和行政服务等支持工作。在干部管理方面，该科室负责直属单位的领导班子建设和局管干部的管理工作。
其次，建设管理科专注于综合运输发展战略及规划，负责协调交通体系规划，参与编制交通枢纽和公共交通规划。他们负责交通基础设施的建设、监管及质量控制，包括公路、水路、港口等的建设和养护，以及相关的市场监督和项目管理工作。
第三个科室是运输管理科，主要负责综合运输行业的政策制定和行业管理，包括道路、水路运输等业务的指导。他们确保行业安全，参与应急管理和节假日旅客运输的协调，还负责港政、航政和道路运政工作。
最后，计划财务科（挂会计核算分中心牌子）是财务管理的核心，指导全区交通运输行业的财务工作，编制预决算，进行财务审计，负责会计规范化和人员资格管理。此外，他们还负责规费征缴、固定资产管理和统计，以及政府投资项目和资金筹集工作。