王喜萍的研究领域集中在植物生物化学和分子生物学上，尤其关注以下几个关键点：
首先，她深入探究植物光信号转导途径的机理。她的研究焦点在于拟南芥COP9信号复合体（COP9 Signalosome, CSN）中的主要亚基CNS1与其他蛋白质之间的相互作用，以此揭示CSN在植物光信号传递过程中的功能和作用方式。
其次，她在拟南芥和水稻转录因子方面进行了系统性研究。通过基因组水平的分析，她分离和研究了植物转录因子，实现了遗传转化，并利用这些抗逆相关的转录因子基因，以提升农作物对逆境的抵抗力。
最后，王喜萍对植物逆境相关功能基因进行了深度挖掘。她通过构建水稻激活标签突变体库，并利用高通量的规模化筛选平台，成功地从众多突变体中筛选出与植物逆境适应性相关的功能基因，这些发现对于理解植物对环境压力的响应机制具有重要意义。