消毒是预防鸡传染病的重要措施，消毒药物很多，可根据消毒对象选用。
（1）氢氧化钠（苛性钠、烧碱）配成2%～3%溶液，用来喷洒或洗涤墙壁、地面、蛋盘、饲具及车辆等，对细菌和病毒均有较强的杀灭力。
（2）碳酸钠（又称碱）用其4%水溶液洗刷或浸泡用具、车辆、地面、墙壁等，可作清洁和消毒用，能杀灭细菌。
（3）草木灰水 取新鲜草木灰10千克加水50千克煮沸20～30分钟，过滤去渣后即可使用，常用于消毒地面、墙壁、道路、用具等，可杀灭细菌和病毒。
（4）石灰水 先用新鲜生石灰一份，加水一份，制成熟石灰，然后用水配成10%～20%的混悬液，用于涂刷鸡舍、墙壁和地面消毒，可杀灭细菌和病毒。
（5）漂白粉 常配成10%～20%乳剂，喷洒于鸡舍、地面、车辆及粪便上消毒。5%的漂白粉乳剂能在5分钟内杀死大多数细菌，10%～20%的乳剂能在短时间内杀死细菌和芽孢；对粪水及其他脏水消毒时多采用粉剂。
（6）来苏儿（煤酚皂溶液）常用2%～10%的溶液喷洒鸡舍、地面，冲洗饲养用具以及饲养人员的手臂和皮肤消毒，能杀灭细菌繁殖体，破坏肉毒杆菌毒素，对结核杆菌和真菌有一定的杀灭作用。
（7）新洁尔灭 具有较强的去污和消毒作用，抗菌范围较广，杀菌力强而快，但对病毒效果较差，也不能杀死结核杆菌、霉菌和炭疽芽孢。一般用0.1%水溶液消毒玻璃、搪瓷、衣物、橡胶制品、饮水器、孵化器、蛋盘、鸡蛋以及皮肤、手指和术部；用0.01%～0.05%的溶液作粘膜和创伤冲洗消毒。但此类药物不能与肥皂和碱类接触，以免降低杀菌效力。
（8）福尔马林 为含37%～40%的甲醛溶液，有强大的杀菌作用，能杀死细菌、芽孢和多种病毒，对皮肤和粘膜有刺激性。主要用于孵化器和种蛋的消毒，按每立方米空间用福尔马林25毫升、高锰酸钾12.5克、水25毫升，置于玻璃或搪瓷容器中，迅速关好门窗，密闭熏蒸6～12小时，即可杀死一切细菌、芽孢和病毒；也可用2%～4%的水溶液对墙壁、地面、用具、饲槽等喷洒消毒。
（9）氯胺（氯亚明）含有效氯11%以上，能杀灭细菌、芽孢，消毒作用慢而持久。一般用0.5%～5%的溶液作禽舍、用具、孵化器等的消毒，饮水消毒浓度为4×10-6。
（10）高锰酸钾 是一种强氧化剂，能放出新生态氧而呈现杀菌作用。用0.1%的溶液能杀死大多数繁殖型细菌，2%～5%溶液能在24小时内杀死芽孢，常用作器械、用具的消毒。