1997年，北京市经济委员会、中共北京市委工业工委、北京市人事局、北京市财政局授予集团公司“北京市工业系统 1997年度双十佳企业”称号。
1997年，集团公司作为全国唯一一家中医药企业被国务院确定为120家大型企业集团现代企业制度试点单位。
1997年，卫生部授予同仁堂“全国卫生系统文化建设先进单位”称号。
1997年，北京市委授予同仁堂“思想政治工作先进单位”称号。 2000年，北京质量协会授予集团公司“先进企业”称号。
2000年，北京市企业管理协会、北京市企业家协会授予集团公司“优秀企业管理奖” 。
2000年，国家质量技术监督局授予董事长殷顺海“全国质量管理先进工作者”称号。
2000年，北京质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司“北京市推行全面质量管理二十周年先进企业”称号。
2000年，北京市科学技术委员会认定 北京同仁堂科技发展股份有限公司为高新技术企业。 2001年，北京同仁堂股份有限公司获得北京市科学技术委员会颁发的“高新技术企业”证书。
2001年，北京市企业管理协会、北京市企业家协会授予集团公司“先进管理奖”。
2001年，北京质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司“北京市企业质量管理优秀企业”称号。
2001年，全国医药行业思想政治工作研究会授予同仁堂“文化建设先进单位”称号。
2001年，中宣部把同仁堂作为诚信企业的典型在全国进行宣传。 2002年，中国工业经济联合会、中国名牌战略推进委员会 授予集团公司 “向世界名牌进军 —— 十六家具有国际竞争力的中国企业”称号。
2002年，“同仁堂”牌药品获国家经贸部重点支持和发展的“名牌出口商品”称号。
2002年，中国质量管理协会分别授予北京同仁堂科技发展股份有限公司及北京同仁堂制药厂“全国质量效益型先进企业”称号。
2002年，北京质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司“北京质量先进企业”称号；授予北京同仁堂股份有限公司“质量管理规范单位”称号。
2002年，北京市科学技术委员会认定北京同仁堂股份有限公司为高新技术企业。
1995至2002年，北京同仁堂制药厂连续七年被北京市工商行政管理局命名为“重合同守信用单位”。
2002年，中国证券报社亚商企业咨询股份有限公司评定北京同仁堂股份有限公司为“2002年中国最具发展潜力上市公司50强第一名”。
2002年、2003年，北京同仁堂科技发展股份有限公司制药厂被北京市地方税务局评选为“个人所得税代扣代缴先进单位”。 2003年，北京市质量技术监督局 授予集团公司“ 北京市质量管理先进企业”称号。
2003年，中央精神文明建设指导委员会 授予集团公司 “全国精神文明建设工作先进单位”。
2003年，集团公司荣获北京企业联合会、北京市企业家协会颁发的“优秀企业管理奖”。
2003年，北京市人民政府授予北京同仁堂股份有限公司“北京市质量管理先进奖”。
2003年，北京同仁堂科技发展股份有限公司获得中国质量管理协会“全国质量效益型先进企业”奖。
2003年、2004年，北京同仁堂股份有限公司、北京同仁堂连锁药店连续两年分别被北京市工商行政管理局确定为“守信企业”。
2003年，北京同仁堂连锁药店被北京市药品监督管理局评为“药品不良反应监测先进单位”。
2003年，北京同仁堂科技发展股份有限公司经过“北京新世纪认证有限公司”检查验收，通过质量体系认证。
2003年，北京同仁堂连锁药店被北京市委、市政府评为“首都防治非典型肺炎工作先进集体”。
2003年，北京同仁堂连锁药店被中国商业联合会评为“全国商业服务业抗击非典先进单位”；评选为“全国商业服务业安全放心服务场所”。
2003年，经中国消费者报社组织评选，北京同仁堂连锁药店获得“维护消费者合法权益突出贡献奖”。
2003年，北京市委授予同仁堂“思想政治工作先进单位”称号。
2003年、2004年，北京企业联合会、北京市企业家协会连续 授予集团公司 “先进管理企业”称号。
2003年、2004年，北京同仁堂科技发展股份有限公司连续荣获北京质量协会、北京用户满意工程联合推进办公室颁发的“用户满意奖”。 2004年，集团公司被国务院国资委、中央宣传部确定为“全国国有企业重大典型”。
2004年，董事长殷顺海荣获中国企业联合会授予的“高级职业经理人”称号。
2004年，“同仁堂”商标被北京市工商行政管理局评为“2004年度北京市著名商标”。
2004年，世界著名企业联盟确定“同仁堂”品牌为“2004年度中国最具影响力行业十佳品牌”。
2004年，世界著名企业联盟、全球华人竞争力品牌大会组委会授予 董事长殷顺海“ 2004年度中国最具影响力行业十佳企业家”称号。
2004年，中央电视台授予“同仁堂”品牌“ 2004CCTV我最喜爱的中国品牌”称号。
2004年，国家质量监督检验检疫总局向北京同仁堂股份有限公司颁发“2004年全国质量管理先进企业”证书。
2004年，北京质量协会将北京同仁堂股份有限公司作为北京质量专辑“行业代表”进行宣传推荐。
2004年，北京同仁堂股份有限公司经过“北京新世纪认证有限公司、英国国家质量保证有限公司”检查验收，通过质量管理体系、环境管理体系、职业健康安全管理体系认证。
2004年，中国质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司“卓越绩效模式先进企业”称号。
2004年，北京市工商行政管理局确认北京同仁堂科技发展股份有限公司为“2004年度守信企业”。
2004年，北京市商务局、北京市商业联合会、北京市连锁经营协会向北京同仁堂连锁药店颁发“2004北京优秀特许品牌”奖牌。
2004年，北京同仁堂连锁药店被北京国税局认定为“纳税信用A级”企业。
2004年，北京同仁堂科技发展股份有限公司被北京经济技术开发区国家税务局评为“缴纳增值税千万元以上先进单位”。
2004年，由北大案例研究中心和经济观察报经过调研授予同仁堂“全国最受尊敬企业”称号。
2004年，中国企业文化促进会授予同仁堂“中国企业文化品牌建设十佳单位”称号。 2005年，“保护知识产权 —— 我们在行动”组委会确定“‘同仁堂'商标作为中国第一个驰名商标，将载入中国知识产权发展史册”。
2005年，董事长殷顺海被评选为“全国劳动模范”。
2005年，北京市国家税务局确认北京同仁堂股份有限公司、北京同仁堂科技发展股份有限公司及其制药厂为“纳税信用A级企业”。
2005年，北京同仁堂科技发展股份有限公司获得“关心百姓安全用药活动组委会”颁发的“百姓放心药荣誉证书”。
2005年，中国质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司2002至2004年度“卓越绩效模式先进企业”特别奖。
1998年至2005年，同仁堂连续八年被首都精神文明建设委员会评为“首都精神文明建设先进单位标兵”称号。
2005年，中央精神文明建设指导委员会向同仁堂颁发“全国文明单位”证书。
2005年，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司作为全国唯一的中药企业被中国社会工作协会评选为首届“最佳企业公民”荣誉称号。
2005年，中共北京市委宣传部、首都精神文明建设委员会办公室、北京市工商行政管理局、北京广告协会评选北京同仁世纪广告公司为“2004-2005年度首都广告行业经精神文明先进单位”。
2005年，“同仁堂”品牌做为唯一的医药品牌入选由北京电视台等12家京城主流媒体主办的第二届“北京影响力”评选活动的“影响百姓生活的十大品牌”。
2005年，《香港商报》将“同仁堂”品牌做为“2005年度中国十大自主创新民族品牌”进行报道。
2005年，同仁堂职工在中国能源化学工会全国委员会、中国医药企业管理协会、中国中药协会、中国就业培训技术指导中心共同举办的“全国中药调剂员技能竞赛”中囊括前三名。 2006年，在北京市商业联合会与北京日报报业集团共同主办的“2005年度北京十大商业品牌”评选活动中，“北京同仁堂”荣获“北京十大商业品牌”称号。
2006年，由国家食品药品监督管理局南方医药经济研究所主办的《医药经济报》，根据 SFDA 南方所医药经济运行分析系统数据，向 2005 年销售收入（含商业）排名第九的中国北京同仁堂（集团）有限责任公司授予“中国制药工业百强”奖牌。
2006年，中华人民共和国文化部确定，国务院批准“同仁堂中医药文化”列入“第一批国家级非物质文化遗产名录”。
2006年8月，经品牌中国总评榜专家委员会综合评审，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司当选为中国25年25大典型品牌企业。
2006年12月，同仁堂被国家商务部认定为首批“中华老字号”。
2006年12月，中央组织部、国务院国资委授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司领导班子“全国国有企业创建'四好'领导班子先进集体”称号。
2006年12月，北京市商务局、北京市商业联合会、北京市连锁经营协会再次授予北京同仁堂连锁药店“北京优秀特许品牌”奖牌。
2006年，北京同仁堂科技发展股份有限公司通过中国质量协会用户委员会“全国用户满意企业”复评。 2007年3月，在由北京大学中国品脾研究中心、中国新经济研究中心主办，世纪影响力（北京）品牌文化传播中心承办的“2006中国品牌领袖年会”上，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司殷顺海荣获“国际影响力品牌领袖”大奖
