成本的问题。一般来说，仅燃料电池堆的成本就在每千瓦2000至5000美元左右。也就是说，要制造一个功率为100千瓦的氢燃料电池组,就要20到50万美元，这显然是非常不经济实惠的。
氢的储存问题。由于氢在常温常压下为气态，因此在车上如何携带氢也就成为一大难题。目前，常用的办法是将氢加压700千克，变成液态，用耐高压的复合材料瓶储存。
加氢站等基础设施缺乏。如果以后的汽车都采用氢气为燃料,那么加氢站就显得尤为重要了。这是困扰氢燃料电池汽车真正商业化的一个大问题。目前，通用汽车公司就与壳牌润滑油公司合作，计划建立12家加氢站进行试运行。同时，一些汽车公司还提出对现有油箱进行重整，以产生氢，而在每辆车上仅加一个小型汽油重整装置的过渡办法。