引起性交阴痛的原因有器质性和精神性两种因素。如急慢性外阴炎、阴道炎、或者在新婚时处女膜破损或外阴擦伤，都可见局部有不同程度的充血、肿胀，在这种情况下发生性行为必然造成疼痛。再如子宫颈炎、子宫内膜炎、或盆腔炎，在性交时由于阴茎冲击宫颈及盆腔则可在阴道内并牵及腹部的疼痛。此外，外阴、阴道发育畸形，或因局部手术引起的粘连及斑痕，或者阴道附近的尿道、肛门病变，甚至痔疮、肛裂也都能够在性交时引起疼痛。更年期妇女，由于内分泌的变化，卵巢功能的逐渐减弱直至消失，同时女性生殖器官逐渐萎缩，致使性欲及性兴奋不易激起，再加上阴道扩张机能退化，大阴唇萎缩导致了阴道口缩小，此时阴道分泌物减少，阴道粘膜变薄，上述症状都会造成性交时十分疼痛或性交后阴道的烧灼感及下腹痛。以上为器质性因素引发的性交阴痛。
精神因素本身也可以导致性交阴痛，但同时也可以是器质性性交阴痛所产生的继发后果。因为精神因素是一种心理性原因，也就是情感方面的问题。常常因为夫妻关系不和、感情抵触，或者双方都较为缺乏性方面的知识，使女方性兴奋不足，对性生活顾虑重重，有压抑感和窘迫感，则更不容易出现性兴奋。