首先肯定是害怕吴三桂权力越来越大越不好控制，其次就是总有一种说法叫死而复生，康熙当然也害怕，于是就下令将其尸体肢解，让吴三桂死得彻彻底底，康熙也能够安心。
吴三桂是明朝遗留下来的人，虽然他对清朝做了许多贡献，但是清朝的人并没有信任他，因为始终他是明朝的人，害怕他反清复明。所以康熙也留了一些心眼儿，只是赏赐吴三桂一些物质上的东西，并没有实质上提他的权利。
吴三桂也是一个狠人，他的官爵厚禄都是踩在了自己同族同胞的尸体上，为了自己的一点私利，不惜杀掉自己的同伴。
随着他的屡立战功，康熙开始对他放松一些警惕，但是也不是完全放松，只是赏赐了一些让她荣华富贵的东西。可在吴三桂的眼里，这些东西是远远不足的够的，他想要的更多。于是他便向康熙提出想要更多实质上的权利，当然，康熙是不会同意的，康熙也害怕吴三桂的势力越来越大，威胁到他的地位，于是就将吴三桂剥削了官位。
就这样战争一触即发，吴三桂打着反清复明的口号去抗击清朝，因为当时的百姓几乎都是汉人，所以对于这个反清复明的呼声还是挺高的。但是就是因为吴三桂他们是一群乌合之众，很快内部就出现了矛盾，他们没有像清军一样有正规的训练，所以最终吴三桂的这支军队抵抗不了清军。
那么吴三桂自己最终也是病死的，康熙听到这个消息后，并下令将他尸体肢解，害怕他死而复生。
吴三桂当做满清的走狗，不断为满清办事，而且所立下的功绩同样是不计其数。那样一名老奸巨猾的人，将自己同族同胞们的尸体当做自己官运前进的敲门砖，真的是惨无人道。随着吴三桂不断立功，这时候的清朝皇帝开始放松了对他的警觉，给予他大福大贵的生活，之后也是吴三桂的儿子成为皇帝的驸马。
吴三桂对于眼下的一切一丝一毫没有一点儿知足常乐，想要获得更充足的权利钱财。那样的条件提出，当然清朝的皇帝不可能接受，因为害怕权势过大的吴三桂威胁到满清的安危。
就是这样吴三桂不仅没有封官加爵相反还遭受了满清的欺侮，夺走了原先的权利。吴三桂以借兵收取军饷的托词扩大自己的部队战斗力，而且之后在云南省等地喊着反清复明的口号，一路上披荆斩棘，因为百姓全部都是汉人，因而对于反清复明的呼声依然非常高的，得人心者得天下，就是这样吴三桂开始自己称帝，而且率军一次又一次地击退清军。如此一来导致康熙皇帝忧虑。
但是由于吴三桂这帮人的乌合之众，很快的内部产生了越来越多问题，无论是财政粮草，还是军内民心的团结一致全部都是没法和正规的清军相比较。就是这样吴三桂的部队依然没法抵御清军这支正规部队。
最后吴三桂病亡在自己的都城。也就是这样康熙才松了一口气。而且下令将吴三桂的尸体肢解派发到各县。由于吴三桂是病亡的，康熙皇帝对于那样的死感觉依然在世，所以心里的恐惧感就必须将其肢解方解心里的的阴影。
第一：民心所向
中国自古以来都有一句话叫做“得民心者得天下”，“三藩之乱”吴三桂虽然是汉人反对满清的统治，但是并没有得到天下百姓的支持，因为吴三桂当年冲冠一怒引清军入关，满洲八旗铁骑迅速占领中原花花世界，在汉人心中吴三桂是千古罪人，是“汉奸”。从打开山海关因清军入关开始，吴三桂就一直背负着“汉奸”之名，民间对吴三桂无不痛恨。而此时吴三桂起兵反清距离清朝统治全国已经二十多年，清朝皇帝施行仁政，提倡“满汉一家”，减轻苛捐杂税，承诺永不加赋，人民生活水平有了逐渐提升，可以说正是民心思治的时候。吴三桂此时挑起战乱，无疑是让百姓再次处于水深火热之中，所以，吴三桂没有得到民心，得不到民心，如何得天下？而康熙帝则不同，康熙帝施行的仁政则是民心所向。
第二：道义上得不到支持，师出无名
自古以来，起兵都讲究师出有名，而吴三桂却偏偏反其道而行之。吴三桂当年为了向清朝表忠心，追杀绞死南明永历皇帝的事情以及引清军入关的事情依然历历在目，此时吴三桂起兵反清，却没有打出复明的旗号，这让明朝的那些遗老遗少以及反清义士无所适从，像天地会，沐王府，台湾郑氏，都是著名的反清组织。这些组织打出的旗号是“反清复明”，是忠于大明王朝的。而吴三桂不一样，吴三桂没有拥立明室后裔，更没有提出反清复明的旗号，而是“反满复汉”，想自己称帝，这就让吴三桂在道义上得不到支持，这也为吴三桂的失利埋下伏笔。
第三：双方经济对比
吴三桂造反，是以云南一隅对抗全国，经济方面的差距可想而知。战争不光是人力和意志的比拼，还是军需物资的比拼。所谓“三军未动，粮草先行”，可见军需物资在战争中的作用。吴三桂仅仅依靠云南一隅的财力，物力，兵力，而康熙帝则是坐拥全中国的人力，物力，兵力，后备资源和兵员的补充可以说是源源不绝。吴三桂是从昆明起兵，要攻入北京，战线太长，兵力不足，这个时候，战备物质和兵员的补充就显得尤为重要，而吴三桂实在没有兵源再补充了，所以，军队越打越少。
第四：地理优势和劣势
中国的地形是西高东低，北高南低，所谓居高临下，北方多山地，就注定了易守难攻。自古以来帝王统一中国的时候，都是从北向南的统一，很少有从南往北的统一。所以，吴三桂向从南往北去夺取天下，难度可想而知。而南方地势平坦，多平原，也更加有利于满清八旗的骑兵作战。而且北方一直是中国的经济和政治中心，不管想要拿下，确实不易。
第五：知识分子反对吴三桂
这一点其实和第一点相似，第一点说的是民心，这一点说的是知识分子的心。想要夺取天下，百姓很重要，知识分子当然也重要。吴三桂叛明降清，如今又叛清企图称帝，早已被全天下的知识分子所唾弃，文人的口诛笔伐，对吴三桂来说，是很致命的。而此时康熙帝则是善待文人，重用文人，高下立判。
第六：吴三桂的战略
吴三桂反清之所以失败，战略失误也是很大的因素。吴三桂起兵之后，先后横扫云贵，川，湘，再加上其余两藩耿精忠和尚可喜占领的地盘，三藩实际上控制的地区已经非常大，大到半个中国。但是此时吴三桂没有继续向北用兵，而是沿江布置防御工事，不再向北发展，希望能和清廷划江而治。而此时康熙帝则是及时调整战略，部署兵力，坚决打击吴三桂，同时招抚其他反叛者，让吴三桂成为真正的孤家寡人。
吴三桂获封平西王后，一直待在云南巩固自己的势力，他率军攻打土匪流寇，平定水西土司，维持了云南一带短时间的安稳，把云南治理得井井有条。对手下的士兵也没有放松训练，他知道自己并没有被满清皇权真正接纳，所以不得不警惕。在多年的经营下，吴三桂在云南的实力强悍无比，毫不夸张地说，云南的百姓只知平西王不知满清帝。