周伯通被黄药师打断双腿，这和《九阴真经》（下半部）有极大关系。当然也和黄药师刚愎自用，喜欢迁怒于人的性情有关。最早《九阴真经》的下半部为周伯通所有，黄药师、冯蘅夫妇得知后，就哄骗老顽童，说只是一看。天性烂漫的周伯通哪里知道其中的门道，就将《九阴真经》拿给了他们。
黄药师的夫人冯蘅有过目不忘的本领。她看了一遍《九阴真经》后默默记于心中，然后还给周伯通，并说这部经是假的，自己之前早就在别的地方看到过。然后随便后读出几句，这一下周伯通果然相信了自己手中的《九阴真经》是假的，一气之下毁了这部真经。
后来冯蘅凭记忆写出了半部《九阴真经》。若干年后，黄药师的两个弟子陈玄风和梅超风由于私定终身，又恐师父责罚和反对，就决定私奔。当时两人学武未成，一合计，就偷走了《九阴真经》。两人的私奔导致了桃花岛的大变，诸多师兄弟都被黄药师挑断腿筋后逐出师门。
冯蘅想再为黄药师默写出这半部《九阴真经》。但人再聪慧，也不可能在时隔多年后还能记得当时完全凭借记忆记下的东西。冯蘅就在殚精竭虑回忆这半部真经的过程中，终于心力交瘁，后来难产而死。她的死令黄药师伤心欲绝，一度曾想殉情，乃至准备了一条船，每年都要漆刷一新。
最开始黄药师对夫人的死，迁怒于陈玄风和梅超风，这于情于理都说得过去。而这时候，老顽童周伯通把《九阴真经》的事情经过告诉了全真七子等师侄，这些响当当的武林人物不傻，就告诉这位老顽童师叔绝对是上当了。周伯通就到桃花岛上找黄药师算账。结果有气无处撒的黄药师就把夫人之死迁怒到周伯通身上，意思没有周博通的《九阴真经》，就不会有夫人冥思苦想导致难产。
两人一言不合就开始动手。那时候，周伯通的武功还不能和黄药师相提并论，结果被黄药师打断了双腿。不过也仅仅是骨折，出手得手的黄药师好歹是一代宗师，而且又和王重阳齐名，也就没过多为难周伯通。只是让他“必须”背出《九阴真经》，否则不许离开桃花岛。
周伯通在岛上十五年，以他的天性，心里不藏事，倒也逍遥自在。每天有吃有喝，剩下的时间就自己跟自己玩儿，悟出了左右手互搏术等神奇武功，最后还浇了黄药师一身粪水，然后自行离开了桃花岛。